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ITS 부위의PCR-RFLP 및 STS 마커를 이용한 차가버섯의 종 및 계통간 유연관계 분석 KCI 등재

Identification and Phylogenetic Relationships of Inonotus obliquus Strains by PCR-RFLP of ITS sequences and STS markers

  • 언어KOR
  • URLhttps://db.koreascholar.com/Article/Detail/276195
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한국버섯학회지 (Journal of Mushrooms (J. Mushrooms))
한국버섯학회 (The Korean Society of Mushroom Science)
초록

최근들어 수입량이 급증되고 있는 차가버섯의 분류체계를 확립하고, 이들 종 및 계통간의 유연관계 확립과 품종 구분을 위해 계통학적 정보를 지닌 ITS 영역의 염기서열, PCRRFLP 및 STS 프라이머를 사용하여 종 특이적인 마커를 개발하였다. 시베리아 캄차카 반도에서 수집된 74008 균주의 염기서열을 이용하여 Inonotus spp.의 유연관계를 분석한 결과 2개의 그룹으로 나뉘어 졌고, I. obliquus DSM 856P균주와 약 98%의 가장 높은 유사성을 나타내어 차가버섯임이 확인되었다. 또한 ITS 증폭산물을 제한효소로 처리하여 밴드패턴을 비교하였을 때 종 및 계통에 따라 밴드가 다르게 나타났으며, STS primer를 이용하여 증폭산물을 비교하였을 때 종간에는 밴드패턴이 다르나 계통내에서는 동일한 밴드패턴을 보였다. 따라서 차가버섯의 품종 구분을 위해서는 STS 마커와 PCR-RFLP를 동시에 사용함으로서 품종 구분이 좀 더 명확하리라 사료된다.

Because the import of Inonotus obliquus have been rapidly increased in Korea, we developed the Inonotus species-specific marker by using various sequences including ITS sequences, PCR-RFLP and STS primers and used this marker to determine both genetic relatedness and strains discrimination of Inonotus spp. Total 17 different Inonotus spp. were examined by using ITS sequences and classified into 2 different groups. One strain, ASI74008 isolated from Kamchaka island of Siberia, showed the high sequence identity (98%) at the nucleotide level to the other I. obliquus DSM strain, indicating the ASI74008 belong to I . obliquus species. Comparison of banding patterns after restriction enzyme digestions with PCR amplicons of ITS region revealed some variations depending on the species and strains. However, PCR products amplified with STS primer showed species specific patterns.Therefore, use of both STS primers and PCR-RFLP could help for better strain identification.

목차
ABSTRACT
 서론
 재료 및 방법
  균주분리 및 배양
  DNA 추출 및 PCR 증폭
  염기서열 및 유연관계 분석
 결과 및 고찰
 적요
 참고문헌
저자
  • 신평균(농촌진흥청 국립원예특작과학원 버섯과) | Pyung-Gyun Shin
  • 공원식( 농촌진흥청 국립원예특작과학원 버섯과) | 공원식
  • 유영복( 농촌진흥청 국립원예특작과학원 버섯과) | 유영복
  • 이금희( 국립식물검역원 중부격리재배관리소) | 이금희
  • 오세종( 국립식량과학원 맥류사료작물과) | 오세종
  • 최만수( 전작과) | 최만수