Seasonal variations in species composition of catches were explored using seasonal samples caught by shrimp beam trawl in the Geum river estuary in 2011. During the study period, total catches were collected 91 species as fish 47 species, crustacean 28 species, mollusca 4 species, gastropoda 5 species, shellfish 3 species and others 4 species. The dominant species were Exopalaemon carinicauda, Eriocheir leptognathus, Palaemon gravieri, Mugil cephalus, Acanthogobius hasta, Cynoglossus joyneri, Pennahia argentata and Coilia nasus. The amount of species in spring and summer was higher than in autumn. The diversity index (H') was 0.43~0.96, evenness index (EI) was 0.14~0.25, and richness index (RI) was 1.54~4.25. Using cluster analysis 91 species were divided into 4 groups. Group I appeared mainly in spring and summer. Group II appeared only in summer. Group III appeared in winter and spring, and Group IV in spring and autumn.

돼지는 경제적으로 중요한 동물이며, 장기 이식용 동물들 중 인간의 장기와 크기 및 구조가 유사한 돼지에 대한 연구가 활발하게 이루어지고 있다. 그 중 Major Histocompatibility Complex(MHC)는 돼지에서 SLA(Swine Leukocyte Antigen)이라 불리어지며, 이종장기 이식시 면역거부 반응에 매우 중요한 역할을 한다. 본 연구는 돼지 SLA class Ⅲ 영역에 존재하는 다양한 SNP들의 haplotype을 추정하고, 이를 이용한 계통발생학적 분류와 LD block을 조사함으로써 SLA class Ⅲ 영역 내에 존재하는 많은 SNP들이 어떤 조합의 형태로 다음 세대로 전달되는 지를 규명하고자 실행하였다. SLA class Ⅲ 영역의 haplotype을 조사하기 위해 약 10 kb 간격으로 48개의 SNP들을 선발하였고, 8품종(총 111두)에서 111개의 haplotype을 확보하였다. Principal Component Analysis(PCA)를 수행한 결과 미니돼지는 독립적인 group을 형성하였으며, Large White, Landrace, Berkshire가 하나의 group을 형성하였다. 또한 한국 재래돼지와 Duroc, 한국 야생멧돼지와 Tongcheng pig가 각각 group으로 형성되었다. SLA class Ⅲ 영역에서 선발한 48개 SNP들의 LD를 추정한 결과 모든 품종에서 SNP들 사이의 LD block이 형성되지 않았다. 이는 haplotype이 고정되어 지지 않는 이유와 마찬가지로, SLA class Ⅲ 영역에 존재하는 SNP들이 면역 또는 질병과 연관되어 있어 같은 품종 내 에서도 다형성을 보이는 것으로 사료된다.

혈청 내 존재하는 효소 중 Glutamic pyruvic transaminase(GPT)는 근육이나 간세포의 손상에 대한 임상 화학적 지표로 사용 된다. 본 연구는 Landrace와 한국재래돼지의 F2 교잡 축군(N=1,105)에 대해 Porcine SNP 60K beadchip을 사용하여 유전자형 분석을 실시하고, GPT 형질과의 관련성을 검증하기 위해 Genome-Wide Association Study(GWAS)를 수행하였다. F2 교잡축군의 가계구조를 보정한 GWAS를 수행하기 위하여 혼합모형과 회귀분석을 조합한 GRAMMAR방법을 관련성 분석에 사용 하였다. 유의성 있는 SNP 표지들은 Sus scrofa chromosome(SSC) 6, 7, 그리고 13에서 동정되었다. 이들유의성 있는 SNP marker들에 가장 근접한 염색체상 위치의 유전자를 그 유전자의 기능을 고려하여 SSC7에서 2개의 위치후보유전자(BCL11B, AHNAK2)를 선정하였다. Pyrosequencing법을 통하여 이 들유전자 내에 존재하는 4개 SNP 표지들의 유전자형을 분석하여 GPT 형질간의 관련성 분석에 이용하였다. 관련성 분석결과, BCL11B g.267 T>C에서 nominal P=7.23×10-8 과 AHNAK2 g.1439 C>T에서 nominal P=5.64×10-6, g.1736 C>A에서 nominal P=3.51×10-6의 결과를 얻었다. 이 들 중 가장 유의한 결과를 얻은 BCL11B 유전자의 g.267 T>C SNP 표지는 추가 연구를 통하여 혈청 GPT 변이에 영향을 미치는 위치상 후보 유전자 표지로 사용 되어 질 수 있을 것이라 사료되어진다.

It was turned out by the beam trawl survey in 2009 that flora of three phylum 16 species and fauna of eight taxa 68 families 97 species were inhabited in the Seomjin River estuary and western coastal waters of Namhae island. Winter season showed the most various appearance of species with 63 species and markedly several kinds of algae species, while summer season showed the lowest number of species with 44 species. However, the indices of species diversity and evenness were highest in summer, and vice versa in winter. Major dominant species were Crangon hakodatei, Leiognathus nuchalis, Asterias amurensis, Thryssa kammalensis, Luidia quinaria, Amblychaeturichthys hexanema, Oratosquilla oratoria, Charybdis bimaculata, Cynoglossus joyneri, Pennahia agentata. The 10 dominant species occupied at 81.4% of catch in number and 49.0% of catch in weight. There were seasonal fluctuations and differences by station in the Seomjin River estuary and western coastal waters of Namhae island, which brought to the difference of length structures, that is, bigger-sized individuals of major dominant species at station A (near to river estuary) than station C (near to ocean). Species compositions by season and by station were separated to two groups. Winter season showed a separated species composition from other seasons and station A exhibited a different species composition from other stations, which was located at near to the Seomjin River estuary.

돼지의 체장, 체폭, 체중 등의 연속적인 변이를 가지는 양적형질에 속하는 형질인 성장형질은 양돈업에 있어서 생산성과 수익성에 직결된 중요한 경제 형질이다. 성장형질로는 일당증체량, 등지방두께, 등심단면적 및 도체품질 등이 있으며, 그중에서 등심단면적과 관련이 있는 후보 유전자를 Genome-wide 수준에서 선발하기 위하여 Illumina 사의 Porcine SNP 60K chip을 이용하여 순종 Landrace 집단(수컷 : 50두, 암컷 : 440두)을 분석하였다. Plink program을 이용하여 filtering 과정을 거쳐 최종적으로 31,960개의 SNP marker를 선별하였으며, Genome-wide 임계수준을 bonferroni correction (i.e.1/31957=3.12×10-5)을 이용해서 결정했을 때, SSC16에서 유의성 있는 4개의 SNP marker들을 발견하였다. 이 중 가장 유의성 있는 SNP marker인 DRGA0016148(P=1.38×10-5)와 근접한 후보유전자로 PDE4D를 선정하였고, PDE4D에서 2개(g.9870 T>C, g3976 C>T)의 SNP를 탐색하였다. 본 연구에서는 Genome-wide association study (GWAS)를 이용하여 등심단면적과 관련성이 있는 SNP를 선발하여, 등심단면적과 후보유전자 PDE4D와의 관련성을 규명하고자 연구를 실시하였으나, PDE4D g.9870 T>C 에서는 Hardy-weinberg equilibrium P-value 0.7581로 음의 상관관계를 나타내었으며, PDE4D g.3976 C>T에서는 모두 호모타입이 확인되었다.

본 연구는 A GP 농장에서 1999년부터 2011년까지 출생되어 분만기록을 가지고 있는 Landrace종 총 5,447두의 자료를 이용하여 종돈의 번식형질에 영향을 미치는 비유전적 환경요인의 효과에 대하여 알아보고 이를 통해 종돈의 번식능력을 향상시켜 경쟁력을 강화시킬 수 있는 자료로 활용하고자 실시하였다. 종돈의 번식 형질에 대한 유의성을 검정한 결과를 살펴보면 분만계절에서 사고두수와 실산자수, 모산차와 실산자수는 유의적인 차이를 나타내었고(p<0.05) 분만년도와 산차의 모든 형질에서는 고도의 유의성이 인정되었다(p<0.01). 형질들 간의 표현형상관에서는 -0.064에서 0.925의 범위에서 상관관계를 보였으며, 특히 실산자수와 총산자수에서 0.925, 생시 복당 자돈 총 체중과 실산자수에서 0.760의 높은 정의 상관을 나타내었으나 이유시 복당 자돈 총 체중과 사고두수에서 -0.064, 생시 복당 자돈 총 체중과 사고두수에서 -0.053으로 부의 상관을 나타내었다. 따라서 종돈의 생산성을 향상시키기 위해서는 우수한 형질을 가진 개체의 입식과 관리, 적절한 산차 유지와 환경요인을 고려한 개량 목표 설정이 필요할 것으로 사료된다.

본 연구는 종돈의 산육형질에 영향을 미치는 비유전적 환경요인의 효과에 대하여 알아보기 위해 AGP 농장에서 1999년부터 2011년까지 출생되어 검정기록을 가지고 있는 Landrace종 총 6,917두의 자료를 이용하여 산차와 모산차 및 환경요인의 효과를 분석하였으며, 이를 통해 형질들 간의 관계를 규명하고 종돈의 산육능력을 강화하여 경제성을 높일 수 있는 자료로 활용하고자 실시하였다. 종돈의 산육혈질에 대한 유의성을 검정한 결과 산차의 모든 형질을 제외한 대부분의 형질에서 높은 유의성이 인정되었으며(p<0.01) 형질들 간의 표현형상관에서는 -0.871에서 0.398의 범위에서 상관관계를 나타내었다. 산육형질에 대한 산차의 효과는 산차가 증가할수록 일당증체량은 감소하고 90 kg 도달일령은 증가하는 경향을 보였으며 등지방두께와 등심단면적은 높아지는 경향을 나타내었고 모산차의 효과 또한 비슷한 경향을 보였다. 따라서 종돈의 경쟁력을 향상시키기 위해서는 우수한 형질을 가진 개체의 입식과 관리를 바탕으로 산차를 적절하게 조절하며 환경요인의 효과를 고려한 육종 개량으로 산육능력을 극대화해야 할 것으로 사료된다.

일반적으로 돼지는 어떤 종류의 모색을 가지든 피부는 연분홍색을 띄는 것으로 알려져 있으나, 경 남 김해 H 육가공회사로 출하된 개체 중 흑모색에 검은색 피부를 가진 돼지가 발견되었다. 그 원인 을 규명하고자, 모색과 연관되어 있다고 알려진 MC1R, KIT 유전자와 피부색과 연관되어 있다고 알 려진 ASIP 유전자의 특징을 살펴보았다. MC1R의 sequencing 분석 결과, 아미노산 67, 68번째 자 리의 6개 염기 C(CCC CCC)는 Hampshire와 동일한 ED2/ED2 유전자형인 것으로 밝혀졌고, KIT의 경우 qOLA_CNV, Pyro_Splice 및 sequencing 분석한 결과, Duroc의 i/i 유전자형과 같은 유전자형 으로 밝혀졌다. ASIP의 경우 염기서열을 분석한 결과, 모든 종에서 차이가 없는 것으로 확인되었다. 유연관계 분석을 위해 Phase software와 network 분석을 실시한 결과, MC1R은 Hap22와 Hap23 이, KIT는 Hap22, Hap43과 유색종과 유연관계를 형성하는 것으로 확인되었다. 반면에 ASIP는 Hap04, Hap09이 야생멧돼지와 중국재래돼지를 제외한 품종들과의 유연관계를 확인할 수 있었다. 더 나아가 각 품종 간 유사성 분석을 위해 PCA를 실시한 결과, MC1R은 Berkshire, KIT는 Berkshire와 Hampshire가 유사성을 가지는 것으로 밝혀졌고, ASIP는 Berkshire 와 Duroc의 유사 성을 관찰할 수 있었다.

한강 하구 해역에서 2010년 4월부터 2011년 11월까지 총 9회에 걸쳐 출현한 생물은 5 분류군 61과 126종이었다. 갑각류는 18과 34종, 두족류는 3과 5종, 어류는 35과 79종으로 분류되었으며, 그 외 종단위로 분류되지 않은 자포동물류인 해파리류와 포유류에 속하는 상괭이가 출현하였다. 한강 하구 해역의 출현종의 대부분은 어류와 갑각류로 구성되었다. 연구기간동안 주된 우점 종은 그라비새우, 꽃게, 밀새우, 갯가재 등이었으며, 어류로는 웅어와 싱어이었다. 우점한 6종에 대한 체장조성 및 평균체장을 살펴보면, 하나 이상의 체장모드를 가지는 것으로 나타났다. 하나 이상의 모드를 가지는 것은 한강 해역에 출현하는 종들이 일정시기 또는 일생동안 한강 하구 해역에서 서식하며, 산란장 또는 성육장으로 이용하고 있다는 것을 반영한다. 한강 하구 해역중 강과 가장 가까운 정점인 더리미에서는 민물어류가 출현하였으며, 홍수 등 담수의 대량 방류 시기와 조사 시기가 일치하는 경우에 민물어류가 하구 해역에서 채집되는 것으로 생각된다. 연도별 정점별 종조성을 이용하여 주성분분석을 실시하였다. 그 결과 종조성은 조사시기별 정점별 차이를 나타내었다.

We developed an age-based spawner-recruit model incorporating environmental variables to forecast stock biomass and recruits of pelagic fish in this study. We applied the model to the Tsushima stock of jack mackerel, which is shared by Korea and Japan. The stock biomass of jack mackerel (Trachurus japonicus) around Korean waters ranged from 141 thousand metric tons (mt) and 728 thousand mt and recruits ranged from 27 thousand mt to 283 thousand mt. We hind-casted the stock biomass to evaluate the model performance and robustness for the period of 1987~2009. It was found that the model has been useful to forecast stock biomass and recruits for the period of the lifespan of fish species. The model is also capable of forecasting the long-term period, assuming a certain climatic regime.

진해만과 진주만에서 새우조망을 이용하여 2010년 4월부터 11월까지 총 4회의 어업조사가 이루어졌다. 조사기간 동안, 진해만에서는 총 116종이 어획되었고, 그 중 어류가 62종, 갑각류가 24종을 차지하였다. 진주만에서는 총 105종이 분류되었고, 그 중 어류가 56종, 갑각류가 31종 조사되었다. 진해만에서는 등가시치, 마루자주새우, 갯가재가 우점하였고, 진주만에서는 마루자주새우, 주둥치, 두점박이민꽃게 순으로 우점하였다. SOM을 이용한 군집유형화 결과, 진해만과 진주만의 군집구성이 계절에 따라 다르게 나타났다. 그룹1에 묶여진 진주만 조사정점들은 민새우, 대하 등 갑각류와 주둥치 쥐노래미 등의 어류가 우점하였다. 4월 조사는 해역에 상관없이 모든 정점이 그룹2에 묶였는데 마루자주새우, 검은띠불가사리, 꼼치 등의 밀도가 높았다. 그룹3에 묶여진 진주만의 6월 조사정점들은 두점박이민꽃게를 포함한 다양한 갑각류와 도다리, 돛양태, 쉬쉬망둑 등의 다양한 어류가 우점하였다. 그룹4에 묶인 진해만의 6월~11월 조사정점에서는 등가시치, 흰베도라치 등의 어류가 우점하였다. 우점종인 마루자주새우는 6월까지 포란개체가 많이 어획되었고, 등가시치와 주둥치는 조사기간 동안 대부분 소형개체가 출현하였다. 이는 본 해역이 수산생물의 산란장 및 성육장으로 중요한 역할을 함을 알 수 있다.

Distribution pattern and fishing conditions of sandfish, Arctoscopus japonicus in the East Sae were explored using catch and catch per unit effort (CPUE) by eastern sea Danish seine and coastal gill net fisheries from 2004 to 2008. A. japonicus was one of major target species for the eastern sea Danish seine and coastal gill net fisheries in the East Sea, which were caught from April to October for the eastern Danish seine, and from October to December for the coastal gill net, respectively. In recent, the distribution and centroid of fishing ground moved northward, as seawater temperature increased. The species spawned in the coastal areas of Gangwon, northern East Sea, during winter, started to move to deeper water after spawning from spring, extended widely from Gangwon to Ulsan, southern East Sea, during summer, and migrated back to the spawning ground off Gangwon during autumn.

3종의 초위성체 마커를 이용해 분석한 대립유전자형을 F0, F1 그리고 F2로 세대 간 구분 하여 동일한 개체 출현확률 값을 추정한 결과 F2의 무작위교배집단으로 가정한 경우 13종의 초위성체 마커는 3.84 × 10-23의 추정치를 나타내 37개의 SNP 마커를 이용할 경우와 유사한 동일개체 출현확률 추정치를 유추할 수 있었다. 본 연구에 사용한 실험축군은 2품종 상호교배로 만들어졌다. 친자감정확률 추정치를 전체집단을 대상으로 13종의 초위성체 마커와 37개의 SNP 마커를 이용하여 분석한 결과 부모를 동시에 찾을 수 있는 추정치인 PEpu의 경우 초위성체 마커는 0.97897이고 SNP 마커는 0.99149였으며, 한쪽 부모를 찾을 수 있는 추정치인 PE의 경우 초위성체 마커는 0.99916이고 SNP 마커는 0.99949로 나타났다. 또한 가능한 후보 부모들로부터 가장 확률이 높은 부모를 찾을 추정치인 PNEpp의 경우는 초위성체 마커와 SNP 마커 둘 다 1.00000으로 추정 되었다. 한정된 부모집단 내 한정된 대립유전자형을 통해 대량의 비육돈이 생산되는 국내의 양돈산업의 경우 DNA 마커의 특성, 분석집단의 크기, 유전자형 분석의 정확도와 비용, 분석된 자료 관리의 용이성 및 기존 분석 시스템과의 호환성 등을 고려하여 효율성과 경제성이 높은 마커를 선정해 마커 조합을 만드는 것이 필요할 것으로 사료된다.

Hybrid surveys using hydroacoustic and fish sampling gears such as trammel net, trap were conducted to investigate total biomass, distribution and dominant fish species of the demersal fishes in the marine ranching area (MRA) of Jeju. Four surveys were carried out in June, August, October and November using 38kHz quantitative echo sounder. Catch data using trammel net and trap were used to calculate biomass and to examine dominant fish species. Fish schools were mainly detected in the waters of 20 meters below and around Chagwido waters. By the result of fishing experiments, fish species living in MRA of Jeju were about 40 species, dominant fish species of a detectable fish such as Family Sparidae and Family Monacanthidae etc. were identified 59.4~68.8% of total biomass. Based on the hydroacoustic data, fish length-weight function and target strength information, mean density of the demersal fish estimated were as follows; 0.88g/m2 on June, 1.12g/m2 on August, 1.35g/m2 on October and 1.18g/m2 on November. An estimated average biomass in MRA of Jeju was founded 20.5 tons in 2007, 20.6 tons in 2008, 23.0 tons in 2009, 25.9 tons in 2010. The results showed that biomass of MRA is getting increased slowly. Therefore the hybrid survey method using hydroacoustic and fish sampling gears is assured an effective biomass survey in the waters of mixed species.

Korean large purse seine fishery catches chub mackerel, sardine, jack mackerel, Spanish mackerel, etc. which are mainly pelagic fish species. The proportion of chub mackerel was 60% over in Korean large purse seine fishery. Sea surface temperature (SST) increased 0.0253℃ per year and total rising rate was 0.759℃ from 1980 to 2009 in the southern sea of Korea, where is mainly fishing grounds of Korean large purse seine. It was that p〈0.01 level was statistically significant. It is northward movement that the center of fishing grounds of chub mackerel by Korean large purse seine fishery moved 4.57km/yr. It was rapidly northward movement about 7.1km/yr, 8.13km/yr to move Spanish mackerel and bluefin tuna fishing grounds. However, the fishing grounds of jack mackerel were moved further south in the 2000s than the 1980s. Catch of tunas and bluefin tuna consistently increased in Korean waters. There was a significantly positive correlation between SST and catch of bluefin tuna in the fishing grounds of Korean waters.

Changes in ecosystem risks were evaluated using the ecosystem-based fisheries assessment (EBFA) approach of Zhang et al. (2009, 2010) and the comprehensive ecosystem-based fisheries management (EBFM) plan was made for the southern sea of Korea in this study. The risk assessment of the southern sea ecosystem was conducted by establishing ecosystem management objectives and by estimating risk scores (RS) for indicators. To conduct this analysis a number of indicators and their reference points for assessing these risk scores were developed in this study. The number of indicators in the risk analysis was 28 for the quantitative tier 1 analysis and 30 for the qualitative tier 2 analysis. The objective risk index (ORI), species risk index (SRI) and fisheries risk index (FRI) were calculated from the risk scores. Comparing the past (1988) and the current (2008) status of fisheries resources, management implications were discussed. The fishery risk index (FRI) of large purse seine fishery in the southern sea of Korea decreased substantially from 0.972 in 1988 to 0.883 in 2008, and improvement in the management of fisheries operated in the southern sea of Korea.

한국 연안에서 해수 유동모델과 입자 추적자 모델을 사용하여 대구 자치어의 이동을 파악하였다. 산란지역인 진해만, 영일만 및 강릉 앞바다에서 산란한 대구 자치어가 주변해역의 조류, 수온 및 염분, TWC(Tsushima Warm Current)에 어떻게 작용하는가를 살펴보았다. 조석잔차류는 동해연안을 따라 남향하고 이 흐름이 부산-쓰시마 북쪽해역에서 일본 연안쪽으로 흐르 는 흐름이 우세하게 나타났다. 조석잔차류에 TWC의 고려한 흐름은 남해 서쪽과 동쪽의 경계역에서 유입하여 서수도의 쓰시마 연안을 거쳐 북동쪽의 흐름과 동수도로 유입하는 흐름이 부산과 일본 서쪽에서 합류하여 일본 연안으로 북상하여 나타났다. 진해만의 산란지점에서, 조석잔차류에 의한 대구 자치어의 이동은 동해쪽으로의 이동은 작게 나타나고 남해쪽으로의 이동이 우 점하였다. 그러나 TWC의 영향을 고려한 자치어의 이동은 서수도를 지나 일본 연안으로 이동하여 나타났다.

해수의 수송이 바다목장화 해역에 미치는 영향을 알아보기 위하여 조석과 바람, 수온 및 염분의 효과를 고려한 해수 유동 모델을 관측한 자료를 토대로 하여 구축하였다. 현장 관측 결과 중층에서 유속이 가장 강하게 나타났으며, 조화분해 결과 반일주조가 강한 혼합조의 형 태로 나타났다. 조류 효과만을 고려하였을 경우, 해수는 어류목장에서 갑각류목장으로, 갑각류목장에서 패류목장으로 수송되었다. 조석과 바람, 수온 및 염분의 효과를 고려한 잔차류의 경우에는 어류목장에서 갑각류목장으로, 패류목장에서 갑각류목장으로 해수가 수송되었다. 한편, 해수 의 최대 수송은 조류나 잔차류의 2가지의 경우 모두가 동일하게 어류목장에서 갑각류목장으로 이동할 때 나타났다.

The population of small yellow croaker, Larimichthys polyactis, in the Yellow and East China Seas has decreased significantly since the mid 1970s. Several management measures have been introduced to conserve it, but population size remains low. To rebuild this population, it is now necessary to consider more effective management methods based on the stock assessment. To determine long-term population changes, fishery and biological data collected over 34 years (1969-2002) were analysed. Yearly fish length compositions were analysed for the time periods 1968 through 1970, 1978 through 1982, and 1993 through 2002; and catch data was available from 1969 to 2002. Annual population sizes were calculated based on length composition, the relationship between total length and body weight, and total landings. Analyses showed that since the 1970s, average size of harvested fish decreased; the proportion of less mature fish (smaller than the 50% maturity length, 19cm) in catches has increased and the estimated biomass has decreased significantly. Consequently, the main management recommendation is that juvenile fish need to be better protected to allow the rebuilding of resources to a more sustainable population level. This will require fish size limit, permissible mesh size, and closed area and season regulations.