우리나라 특허법 제126조 제1항에서는 특허 침해가 인정되면 특허금지청구권이 인정되는 것 으로 해석되어 법원의 재량권을 인정하고 있지 않고 있다. 그러나 소위 특허괴물이라고도 불리는 NPE들이 특허금지청구권을 과다한 실시료협상 의 도구로 악용하는 경우등 특허금지청구권이 제 한될 필요성이 있는 점, 특허법 제126조 제1항과 같은 규정형식인 민법 제214조 물권적 청구권도 금지가 허용될 경우의 소유자의 이익보다 상대방 및 제3자가 받게 될 불이익 등을 비교⋅형량하여 상대방 및 제3자가 받게 될 불이익이 더 크다고 판단될 때 금지청구가 제한되고 있는 점, 지식재 산권법의 보충법기능을 하는 부정경쟁법 제4조의 입법계기가 된 대법원판례도 금지가 허용될 경우 피해자의 이익과 가해자의 불이익등을 비교형량 하여 금전배상만으로 실효적 구제가 어려운 경우 에 제한적으로 금지청구를 인정한 점, 특허법이 특허발명에 물권적 청구권에 유사한 대세권을 부 여한 이유는 물권적 특성이 특허권의 본질이기 때문이 아니라 특허법의 법목적이 기술발전의 촉 진에 있기 때문인 점, 기술혁신이라는 특허법취지 에 맞는 특허권의 보호방법은 property rule보다 는 liability rule이 보다 타당한 점, 대륙법계와 영미법계를 막론하고 금지청구권이 손해배상청구 권에 대한 보충적 구제수단으로 인식되어 왔다는 점등에 비추어 특허법 제126조 금지청구권도 금 지가 허용될 경우의 특허권자의 이익과 특허침해 자 및 제3자가 받게 될 불이익 등을 비교⋅형량 하여 침해자 및 제3자가 받게 될 불이익이 더 크 다고 판단될 때 제한가능하고, 그 제한의 법적 근 거를 규정하기 위해 현행 특허법 제126조에 법원 이 특허권자의 금지청구권을 인용할 경우의 특허 권자의 이익과 침해권자의 불이익을 비교형량하 여 금지청구권을 제한할 수 있는 규정과 그러한 제한시 특허권자에게 상당한 금전배상을 직권으 로 명하는 규정을 추가하는 입법개선이 필요하다.

특허권을 보유하는 자는 특허권에 대한 침해가 있는 경우 다음 사항을 주장 및 입증함으로써 특허권 침해금지청구를 할 수 있는바, (1) 특허권자가 특허권 침해로 인하여 회복할 수 없는 손해를 입는 다는 점, (2) 금전적 손해배상과 같은 구제책은 회복할 수 없는 손해를 적절하게 구제할 수 없다는 점, (3) 특허권자와 침해자간 이익형량을 고려할때 특허권 침해금지청구에 대한 인용이 필요하다는 점, (4) 특허권 침해금지청구를 인용하더라도 공공의 이익이 침해당하지 않는다는 점이 그것이다. 나아가, e Bay v. mercExchange 사안 이후의 판결들에 대한 분석에 의하면 (1) 각 급 법원들은 여전히 대부분의 사안에서 특허권 침해금지청구를 인용하고 있고, (2) 특허권자와 침해자가 관련시장에서 직접적인 경쟁관계에 있을 경우 일반적으로 특허권 침해금지청구가 인용되고 있으며, (3) 만일 특허권자가 특허발명을 이용하여 사업을 수행하지 않는 경우에는 특허권 침해금지청구가 기각되고 있고, (4) 침해의 고의성, 복합 발명의 존재, 특허권자의 실시권 부여 의향 및 장래의 침해 가능성과 같은 다른 요소들은 특허권 침해에 있어서 특허권 침해금지청구의 인용 또는 기각 여부에 대한 결정적 요소는 아니라는 사실이 확인된다.

미국 연방대법원은 2006년 5월 15일 eBay vs. MercExchange 판결에서 특허권침해에 대하여 자동적으로 금지명령을 부여하여 오던 연방순회항소법원의 입장에 쐐기를 박고, 형평법상 이념이 요구하는 요건들을 검토하여 법원의 재량에 따라 금지명령의 발령 여부를 결정하여야 한다고 판시하였다. 이 판결은 특허권침해에 대한 구제에 있어서 경직성과 도식성을 타파하고 형평성, 유연성, 기능성을 제고하려는 의미를 가진다. 이러한 사고는 우리 민법상 불법행위와 그에 대한 구제수단으로서의 금지청구권에 관하여 시사하는 바가 있다. 우리 민법 제750조는 불법행위에 대한 구제수단으로 손해배상원칙을 채택하고 있다. 이에 따라 금지청구권은 불법행위에 대한 일반적 구제수단으로 인정되지 않는다. 그러나 불법행위법의 목적을 손해회복과 손해예방 중 어디에 두더라도 금지청구권은 그 목적달성에 반드시 필요한 구제수단이다. 나아가 현실적으로 이러한 구제수단이 부여되어야 마땅한 상황도 적지 않다. 따라서 입법론으로서는 불법행위에 대한 구제수단으로 금지청구권을 인정할 필요성이 크다. 그 뿐만 아니라 현행법상 해석론으로도 금지청구권을 인정하여야 마땅한 개별적 사안에서는 이른바 전체유추의 방식으로 이를 예외적으로 허용할 수 있을 것이다. 민법 제214조, 제217조, 제389조 제3항, 제764조, 부정경쟁방지법 제4조 등에 공통적으로 존재하는 법의 일반원칙, 즉 “피해자는 침해로부터 회복될 수 있는 가장 적절하고 유효한 수단에 의하여 구제되어야 한다”는 정신이 이러한 전체유추의 근거가 될 것이다. 지나치게 경직되었던 특허권침해의 구제법에 있어서 권리와 구제수단 사이의 유연성, 형평성, 기능성의 정신을 되살리고자 하였던 eBay vs. MercExchange 판결은 같은 정신을 공유하는 위와 같은 시도에 하나의 단초가될수있을것이다.