일본의 근대 ‘천황제’ 국가는 ‘천황제’ 이데올로기에 의해 형성된 절대군주제 국가였다. 이 ‘천황제’ 이데올로기는 일본의 고래의 신도사상(神道思想)과 충효의 윤리를 바탕으로 한 전제적이고 가부장적인 유교사상을 근간으로 하여 ‘천황’의 권위를 신성시하고 절대시함으로써 국민의 일상은 물론 정신세계까지 지배하여 국가 권력에 대한 국민들의 절대적인 복종과 충성을 얻어내려는 것이었다. 그리고 거기에는 종교적, 반민중적, 반이성적 성격이 들어있었다. 일본 메이지시대 전반기에 형성된 이러한 ‘천황제’ 이데올로기는 의무화된 근대교육 기관과 군대, 교화기구를 통해서 자국민에게 체계적으로 주입되었으며, 청일전쟁, 러일전쟁 등 침략전쟁을 통해서 해외 식민지를 강점․지배하면서 더욱 강화되고 정교화되어, 지배이데올로기로 활용되었다. 일본의 종교정책은 메이지유신기에 형성되었는데 그 기조는 국가신도 내지 신사신도(神社神道)를 정점으로 하여, 그 하위에 교파신도와 불교, 기독교를 국가의 공인종교로 삼고 국가 시책에 충실히 따르도록 통제․이용하면서, 그 외의 종교는 ‘유사종교단체’라 하여 불법화하고 경찰력을 동원하여 통제․탄압하는 것이었다. 일본에서 기독교는 전래 초기부터 사회적인 비난과 배척을 받아 교세가 크게 발전하지 못했으며, 국가와의 관계에 자신을 적응하여 자신의 유용성을 변증하고자 하였다. 일본 기독교는 초기부터 국가의 종교정책에 저항하기보다는 순응하고 협력하는 길을 선택하였던 것이다. 일본 기독교는 천황숭배와 신사참배를 인정하고, 침략전쟁에 협력하였으며, 대륙침략을 재개한 1930년대 이후에는 일본적 기독교라고 하여 교리와 신앙의 본질적인 부분까지 변질시켰다. 1939년 4월 종교단체법이 공포된 이후에는 개신교 교파들이 통폐합하여 일본기독교단을 만들고, 적극적으로 침략 전쟁에 협력함으로써 국가의 교화단체의 하나로 전락하고 말았다.

일본의 개신교회가 식민지 조선에 존재했었다는 사실은 한국이나 일본의 기독교 사학자들에게도 잘 알려지지 않았거나 혹은 무시되어 왔다. 조선에 살았던 일본인 기독교인들의 활동과 행동, 사상, 조선인 기독교인들과 어떤 관계를 맺었는가 하는 문제는 일본의 기독교, 일본의 종교 정책, 그리고 식민지 조선의 기독교를 이해하는 데에 그간 알려지지 않았던 점을 드러낸다. 그들 스스로의 인식 여부와 상관없이 일본인 기독교인들은 식민지주의 및 기독교의 행위자였던 것이다. 이러한 문제에 답을 찾기 위해서 본고는 '일본기독교회'(日本基督教会)의 활동에 의해 식민지 조선에 세워진 교회를 특정하였다. 일본기독교회가 발간한 신문 및 출판물, 그리고 식민지 조선의 다른 문헌과 정황을 검토하여 필자는 조선에서의 일본기독교회가 어떻게 시작되고 진행되었으며, 또한 그 대부분이 일본인 식민자들의 교회였을 뿐, 함께 사는 조선인들의 '이웃'이 되지는 못했음을 드러내고자 한다. 황민화 정책이 강화되었을 때 조선과 일본의 기독교는 연합하고 이후로 통합이 되어 일본의 패전까지 지속되었다. 한편 일본인 기독교인들이 남긴 재산의 일부는 몇몇 조선의 교회가 설립되는데 토대가 되었다.