한 교사가 여러 과목을 가르치는 초등과 달리, 교과 교사가 따로 있는 중고등학교의 경우 통합프로그램 운영은 어려운 점이 많다. 그럼에도 불구하고 최근 중고등학교 일부 교사들은 교육과정을 재구성하여 통합프로그램을 운영하고 있다. 이에 중등통합프로그램에 적절한 설계모형을 제시하고 이 모형에 맞춰 현장의 통합프로그램을 분석하였다. 분석 결과, 현장에서 이루어지는 중등통합프로그램은 교사가 주축이 되어 국가수준 교육과정 범위 내에서 학교 실정에 맞는 교육과정을 재구성하였고 통합의 유형은 주로 주제 중심의 간학문적 통합을 추구하였다. 그러나 활동을 강조하다보니 지식과 활동이 자연스럽게 어우러지지 못하는 문제점이 나타났다. 통합프로그램이 잘 운영되기 위해 숙의단계에서 어떤 내용을 어떻게 재구성할 것인지에 대한 교사 간 치열한 의견 교환이 중요하다. 그리고 통합프로그램이 잘 구성되기 위해서는 내용(지식)이 뒷받침된 활동, 내용과 잘 조화를 이룬 활동이 어우러지는 교육과정의 재구성이 필요하다는 사실을 알 수 있다.