남ㆍ북한간 정전협정시 해양경계를 정하지 못했으며, 주변국과 관할해역 경계가 명확하지 않다. 유엔군사령부는 6ㆍ25전쟁 이후 정전협정 준수를 위해 북방한계선과 작전구역을 설정해 해ㆍ공군 세력의 활동을 통제했고, 우리나라는 작전구역 내에서 북한선박의 통항을 통제해 왔다. 작전구역 내에서 제3국 선박은 항해의 자유를 향유하지만, 북한선박은 교전국으로서 통항이 통제되는 특수한 해양제도가 유지되고 있다. 그러나, 작전구역이 설정된 이후 유엔해양법협약 발효, 남ㆍ북한의 유엔 가입 등 변화가 지속되고 갈등요인이 있어 작전구역의 지리적 범위를 보완할 필요가 있다. 또한 해군의 기능적 역량 강화를 위해 해군함정에게 북한선박 통제를 법적으로 보장하는 조치가 요구된다. 본 논문에서는 6ㆍ25 전쟁 이후 한반도 주변해역에서 북한선박을 통제하여 온 실례와 북한선박 통항통제 제도에 대한 개선방안을 살펴보았다.