한국선교 역사에 있어서 1886년부터 1887년에 걸친 두 해는 알렌과 헤론 선교사의 갈등으로 한국의 장로교 선교를 거의 파산지경에까지 몰아넣은 시기였다. 그런데 이 갈등은 한국교회에 장래 선교 전략 수립에 지대한 영향을 미쳤다. 또한 이 논쟁의 결과로 병원과 학교와 같은 기독교 기관들의 성격이 결정되었다. 따라서 본 논문은 한국교회 선교 초기에 있었던 알렌과 헤론의 갈등에 대하여 고찰하고자 한다. 그래서 본 논문은 첫째로 1886년부터 1887년까지 있었던 알렌과 헤론의 갈등의 구체적 내용이 무엇 인지 분석하고자 한다. 이를 위해 이 논문은 알렌과 헤론, 그리고 언더우드와 선교본부의 총무인 엘린우드의 일기와 편지, 그리고 보고서를 분석하여 갈등의 내용을 구체적으로 제시하고자 한다. 둘째로 갈등의 원인이 무엇인지 신학적으로 분석하고자 한다. 특히 기존의 연구들을 재 고찰하고, 갈등의 내용에 대한 분석을 통해 그 이외의 원인들은 무엇이 있는지 살펴보고 이를 정리하고자 한다.