본 연구는 남부 3지역에서 시설재배 3농가 총 9농가를 선 정하여 2019년과 2020년도 재배 중인 부추와 부추 재배 토양, 퇴비, 농업용수의 미생물 오염도를 조사하였다. 부추, 토양, 퇴비, 농업용수에서 위생지표세균(일반세균수, 대장균군, 대장균)과 B. cereus, S. aureus를 조사하였다. 2019년 채취해 온 시료의 오염도를 조사한 결과 A지역 일반세균수는 6.15- 8.82 log CFU/g, 대장균군은 2.75-4.88 log CFU/g, 21.58-37.95 MPN/100mL, B. cereus는 1.79-5.86 log CFU/g으로 검출되었다. B지역 일반세균수는 6.41-8.44 log CFU/g, 대장균군은 1.57-2.82 log CFU/g, B. cereus는 2.48-6.00 log CFU/g으로 검 출되었다. C지역 일반세균수는 6.42-7.74 log CFU/g, 대장균 군은 2.39-5.73 log CFU/g, 14.45-2419.6 MPN/100 mL, B. cereus는 1.48-5.56 log CFU/g으로 검출되었다. C지역 III농가 토양에서 대장균이 1.86 log CFU/g으로 검출되었다. 2020년 채취해온 시료의 오염도를 조사한 결과 A지역 일반세균수는 2.83-8.20 log CFU/g, 대장균군은 0.28-4.03 log CFU/g, B. cereus는 0.41-5.30 log CFU/g, S. aureus는 0.40-4.85 log CFU/ g이 검출되었다. B지역 일반세균수는 0.84-7.25 log CFU/g, 대장균군은 3.13-3.56 log CFU/g, B. cereus는 1.69-2.82 log CFU/g, S. aureus는 2.44-3.78 log CFU/g이 검출되었다. C지역 일반세균수는 2.04-8.83 log CFU/g, 대장균군은 0.43-4.04 log CFU/g, B. cereus는 0.70-4.93 log CFU/g, S. aureus는 1.81- 6.27 log CFU/g이 검출되었다. 부추는 토양과 퇴비로부터의 오염, 농업용수로부터의 오염, 농업용수로 오염된 토양과 퇴 비로의 오염 등 다양한 경로를 통해 B. cereus가 오염될 수 있다. β-hemolysis 활성을 지니는 B. cereus가 부추와 재배환 경시료로부터 분리되었기에 B. cereus의 오염 예방이 중요하다. 반면에 병원성 E. coli, E. coli O157:H7, L. monocytogenes, Salmonella spp.은 검출되지 않았다. B. cereus와 S. aureus의 오염을 줄이기 위해 농작물 재배 시 작물과 토양과 퇴비의 접촉을 최소화하기 위해 멀칭 재배와 농업용수의 관리, 사용 후 퇴비 관리 등 재배 환경을 관리하는 것이 미생물 오염도를 줄이는데 효과적일 것으로 판단된다. 또한 농산물로 인한 식중독 사고를 예방하기 위해 작물과 재배환경의 모니터링 연구와 작업자의 위생 관리에 대한 지속적인 연구가 필요하다.