본 연구는 과학기술행정체제와 혁신 거버넌스 연구의 큰 변화 흐름을 살펴보고, 성찰적 자리매김을 통해 향후 나아가야 할 방향을 제시하였다. 분석 대상은 ｢한국행정학회보｣, ｢한국정책학회보｣ 등의 행정학·조직학 분야와 ｢과학기술학연구｣, ｢기술혁신연구｣, ｢기술혁신학회지｣ 등의 과학기술혁신 분야에 실린 과학기술행정체제 및 혁신 거버넌스 관련 논문을 중심으로 살펴보았다. 이와 함께 각 학회 학술대회 발표 논문과 주요 저서, 그리고 과학기술 정책연구원⋅한국행정연구원 등 국책 연구기관에서 발표된 정책보고서와 정부 문건자료도 분석에 포함하였다. 분석 결과, 연구 자체가 정부조직개편의 일부에서 독자 영역으로 진화하고 그 주제도 세분화되었으며, 역사적⋅규범적⋅비교분석⋅제도론적 접근방법이 주를 이루었다. 또한 과학기술정책의 조정·통합 문제가 연구에서 중요한 과제로 다루어졌으며, 혁신체제론(NIS) 및 거버넌스 관점이 연구에 반영되기 시작했다. 그러나 작은 정부론과 큰 정부론, 거버넌스론과 컨트롤 타워론 등 몇 가지 차원에서 여전히 쟁점을 드러내고 있으며, 귀인 오류, 합리적 모형의 지배, 처방위주의 연구와 연구의 쏠림, 거대 및 세부 담론의 부재 등에서 한계를 드러내고 있다. 향후 과제로 합리성⋅효율성⋅종합성 설계의 관점에서 벗어나 진화적 합리성 강조, 다차원적 연구 방법론 활용, 한국적 이론 개발과 보편성 확보, 거버넌스 관점의 주류화, 조직문화 등 소프프웨어 측면에 관한 연구 촉진 등을 제시하였다.