큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCARmarker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30ug/ml의 농도로bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개),OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 randomprimer(10mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNAband의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를확인할 수 있었다.