In order to provide information of genetic variants for Haptoglobin (Hp) gene, which may be related to weight traits in pig, a total of 235 animals from National Institute of Animal Science (NIAS) were screened with 3 primers. The primer sequences were selected using the porcine cDNA sequences based on NM_214000, and the exon boundaries were estimated. Genetic variants were observed using direct sequencing analysis, and there were 9 SNPs detected at nucleotide positions 503 (A/G), 509 (A/G), 709 (C/T), 734 (C/A), 742 (G/A), 769 (A/G), 840 (C/T), 876 (C/T) and 882 (C/A). All the SNPs were located in coding regions, and mutations caused amino acid changes at nucleotide positions 503, 509, 734, 742 and 769. Allele frequencies of SNPs were estimated for all segments. The SNPs at nucleotide position 509 (p<0.0001) and 734 (p<0.05) were significantly associated with average daily gain, but no significance was observed with other SNPs. From the results, the identified SNPs may be a useful candidate marker for the porcine weight gain traits.

The nitric oxide(NO) is a major factor contri buting to t he loss of neurons in ischemic st roke. demyelina t ing diseases, and other neurodegenerative di sorders . But it is known that NO is not function ing as a direct neurotoxin. NO combined with superoxide(02-) by the diffusion-contl'O ll ed reaction, formed a peroxin it ri te anion (ONOO-)‘ which this s pecies has been shown to contribute to oxidative s igna ling and damage. ONOO stimuJates apoptosis in many cell types. whether ONOO acts direct ly as an ox idant 0 1' the induction of apoptosis is because of the radicals derived from ONOO- decompositi on . But. the mecha ni sm by which ONOO- induces apoptosis is un clear although subsequent forrnation 0 1' reactive oxygen s pecies(ROS) has been suggested in a few reports The aim of this study is to investigate the a nti -apoptotic pathway by inhibi tion 0 1' ONOO synthesis t hrough scavenging of ROS us ing s pecific wavelength 0 1' light irradiation . The present study investi gated the a nti -apop totic effect of the specific wavelength 0 1' irradi ation in Sodium Nitroprusside(SNP) t reated SJ-I-SY5Y ceJls, by MTT, DNA fragmentation, and flow cytometric assay and th rough western blot and caspase-3, -9 activity assay for confirmation of caspase pathway. Also. NO reJease and ROS leveJ was measured in order to observe the changes of NO involved in radical by Griess reaction analysis and DCF'-DH. Results showed that the cell viability were r educed by about 50% of control group by SNP treatment, but re covered to about 80% by 590nm irradiation . The apoptotic cells were observed by flow cytomet ry and DNA fra g mentation assay in SNP-treated group‘ but 590nm irradiation led apoptotic feature to be reduced . Released NO a nd ROS level were increased after SNP treatment but ROS level was dec reased in 590nm irradi at ion - treated group, in spite of high NO concentration fo llowing SNP treatment Also. SNP t reatment led cytochrom C release but 590nm irraidiation inhibit it, hence the expression 0 1' caspase-3 and -9 was dec reased sign ificantly‘ These results showed that 590nm irradiation protect neuronal death thl'Ough bl ocking of NO-induced mi tochondri al apoptotic pathway. Also, it suggests that specific wavelength of irradi ation was used for prevent ion from neurodegenerative disordcr progression

Aldehyde dehydrogenase (ALDH) plays an important role in alcohol metabolism; ALDH is responsible for the oxidation of acetaldehyde generated during alcohol oxidation. ALDH is also known to oxidize various other endogenous and exogenous aldehydes. Cytochrome P-450 2E1 (CYP2E1), a liver microsomal enzyme, also metabolizes acetaldehyde and ethanol and can be induced by other inducers including acetone and ethanol. We examined single nucleotide polymorphisms (SNP) of ALDH and CYP2E1 genotypes in Korean. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) method was used to determine ALDH and CYP2E1 SNP. Mutation in ALDH was 60% (heterozygote 46.7% and homozygote 13.3%) among 15 cases. CYP2E1 mutation was 52.7% (heterozygote 47.4% and homozygote 5.3%) among 19 cases.

본 연구는 돼지의 난포란을 체외에서 성숙, 수정시킨 체외수정란의 체외배양 체계를 확립하고 그 기작을 규명하기 위하여 체외배양액에 항산화제인 melatonin의 첨가 및 melatonin과 sodium nitroprusside(SNP)의 첨가배양이 체외수정란의 체외발육에 미치는 영향을 검토하고자 실시하였다. NCSU 23 배양액에 melatonin을 0, 1, 5 및 10nM을 첨가하여 체외배양을 실시한 결과, 배반포기까지 발육율은 17.8%, 26.1%, 20.0% 및 16.3%로서 melatonin 1nM 첨가구가 여타구에 비해 통계적으로 유의하게 높은 성적을 나타냈으며(P<0.05), 상실배기 이상 발육 성적에서도 melatonin 1 nM 첨가구가 39.1%로서 대조구 33.3%, 5 nM 첨가구의 33.3% 및 10 nM 첨가구의 27.9%보다 높은 발육율을 나타냈다(P<0.05). NCSU 23 배양액에 SNP를 0, 50 및 100 μM을 첨가하여 체외 배양한 결과, 상실배 이상 발육성적은 각각 41.9%, 25.6% 및 28.4%로서 SNP 첨가구가 대조구보다 유의적으로 낮은 성적을 나타내었다(P<0.05). NCSU 23 배양액에 대조구, SNP 50 μM, SNP 50 μM에 melatonin 1, 5 및 10nM을 혼합첨가하여 체외 발육율을 조사한 결과, 배반포기 발육율은 각각 2.5%, 1.2%, 9.9％, 5.1% 및 3.7%로서 SNP 50μM + Mel. 1nM 첨가구가 여타구 보다 높은 성적을 나타냈으며, 상실배기 이상 체외 발육율은 31.3%, 34.1%, 39.5%, 29.4% 및 39.5%로서 SNP 50μM + Mel. 1 nM 첨가구와 SNP 50 μM + Mel. 10 nM 첨가구가 여타구보다 높은 발육율을 나타냈다. 모든 처리구에서 배반포까지 발육된 체외수정란의 세포수는 커다란 차이가 인정되지 않았다.

과피와 과육의 다양한 색은 복숭아 분류에 가장 널리 사용되는 상업적 기준 중 하나이다. 새로운 적색 과육 품종을 육성하기 위해서는 많은 교배 조합과 세대가 진전되어야 한다. 따라서 육종 효율을 높이기 위해서는 목적 형질을 가진 개체에 적용할 조기 선발 분자표지를 개발할 필요가 있다. 과육색이 다르게 발현되는 복숭아 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 적색 과육 품종인 ‘조생혈도’와 백색 과육 품종인 ‘미백도’의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고, 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. ‘조생혈도’와 ‘미백도’의 EST database로부터 72쌍의 SNP 분자표지를 선발하였고, 적색 과육 품종 8개와 백색 과육 품종 24개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 복숭아 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 복숭아 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 복숭아 육종에 유용하게 사용할 수 있으며, 복숭아 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

An allo-octoploid strawberry (Fragaria × ananassa Duch.) is one of the most important vegetable crops in Korea. However, there were few genomic researches of strawberry due to polyploidy and complexity of its genome. In this study, we aimed to construct a genetic linkage map of strawberry using single nucleotide polymorphism (SNP) markers that were developed through a next-generation sequencing (NGS) analysis. Two strawberry varieties, ‘Sulhyang’ and ‘Senga-sengana’, were used as a maternal and a paternal parent, respectively, and their F1 generation consisting of 94 individuals was used for construction of a genetic linkage map. A total of 19.0 Gbp (‘Sulhyang’) and 21.8 Gbp (‘Senga-sengana’) of genomic sequences were obtained through NGS analysis. Subsequently, approximately 87,000 SNPs were identified and 1,154 primer sets for high-resolution melting (HRM) analysis were designed through bioinformatic analysis. In result, a total of 224 polymorphic HRM markers were developed and 205 markers were mapped on the genetic linkage map of strawberry, which total length was 800.8 cM and the number of linkage groups were 30. This SNP-based genetic linkage map and the 224 SNP markers will be very helpful for the genomic and genetic researches of allo-octoploid strawberry.

Background : Cudrania tricuspidata Bureau is a widely used medicinal perennial woody plant. Obtaining information about the genetic diversity of plant populations is highly important for conservation and germplasm utilization. In this study, we developed single nucleotide polymorphism (SNP) markers derived from chloroplast genomic sequences to identify distinct Korean-specific ecotypes of C. tricuspidata via amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR analyses. We performed molecular authentication of twelve C. tricuspidata ecotypes from different regions using DNA sequences in the chloroplast TrnL-F intergenic region. Methods and Results : SNPs were identified based on the results of nucleotide sequence for the intergenic region of TrnL-TrnF gene (chloroplast). Molecular markers were designed for those SNPs with additional mutations on the second base from SNPs for amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR). HRM pattern analyses were performed using the Mx3005P QPCR System (Agilent Technologies, CA, USA). Conclusion : We collected 12 individual lines of C. tricuspidata from various region in South Korea and China. Based on the nucleotide sequence in the trnL-trnF intergenic region of these lines, six SNPs and a deletion of 12 bps were identified and 12 individual lines were able to be grouped in one Korean ecotype and two different ecotypes of chinese lines, chinese line 1 and 2. The SNP markers developed in this study are useful for rapidly identifying these specific C. tricuspidata ecotypes collected from different regions.

As a first step of mapping genes conferring resistance to the brown planthopper, Nilaparvata lugens Stål, in Gayabyeo using a population derived from a cross between Gayabyeo and Taebaegbyeo, we performed the whole genome resequencing of these two Tongil-type rice varieties. The amount of raw sequence data was about 18.5X109 bp and 17.9X109 bp in Gayabyeo and Taebaegbyeo, respectively. After quality trimming and read mapping onto Nipponbare reference genome sequence, 9.3X109 bp was mapped in Gayabyeo with mapping depth of 25.0X, and 9.5X109 bp was mapped in Taebaegbyeo with mapping depth of 25.5X. Between Gayabyeo and Nipponbare, 1,585,880 SNPs were detected, while 1,416,898 SNPs were detected between Taebaegbyeo and Nipponbare. Between Gayabyeo and Taebaegbyeo, 284,501 SNPs were detected. Among the SNPs between Gayabyeo and Taebaegbyeo, 21.2% were in genic region and 78.8% were in intergenic region. In CDS region, 15,924 SNPs were detected, among which synonymous SNPs covered 47.3% and non-synonymous SNPs covered 52.7%. We designed Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS) markers with SNPs in the restriction enzyme recognition sites, and 20 CAPS markers were tested. Of the 20 markers, 19 markers showed polymorphism and one marker showed monomorphism between Gayabyeo and Taebaegbyeo. It is expected that sufficient DNA markers for mapping genes with a population derived from a cross between Gayabyeo and Taebaegbyeo can be developed based on the results of the study.

Background : The P. ginseng breeding line G07006, was selected for salt tolerance through salinity screening of mature leaves at the NIHHS of the RDA in 2014-2016. However, it is difficult to maintain a genetically stable breeding line of cross-pollinating crop in the field. Therefore molecular marker required to identify and maintain breeding line G07006. Methods and Results : DNA was extracted following the CTAB DNA extraction protocol (Doyle and Doyle, 1987) with modifications. A pair-end (PE) library was constructed and sequenced using an Illumina MiSeq platform by Lab Genomics, Inc. (Seongnam, Korea). Approximately 4.0 Gb of sequencing data were obtained, and de novo assembled by a CLC genome assembler(v. beta 4.6, CLC Inc., Rarhus, Denmark). The complete chloroplast(CP) genome size is 156,356 bp, including two inverted repeats (IRs) of 52,060 bp, separated by the large single-copy (LSC 86,174 bp) and small single-copy (SSC 18,122 bp) regions. This CP genome encodes 114 unigenes (80 protein-coding genes, four rRNA genes, and 30 tRNA genes), in which 18 are duplicated in the IR regions. Conclusion : This complete chloroplast DNA sequence will provide conducive to discriminate line G070006 (salt-tolerant) and further enhancing genetic improvement program of this important medical plant.

Reynoutria japonica and R. sachalinensis have been used as medicinal resources in Korea. However, it is difficult to identify and determine these medicinal herbs correctly because they are usually customized and purchased as the fragmented rhizomes types. To develop molecular markers for distinguishing two species, we analyzed and compared the chloroplast DNA sequences of seven loci (atpB, matK, ccD-psaI, atpF-H, trnL-trnF, psbK-I and rpl32-trnL). Among them, we found two effective SNPs in psbK-I region for R. japonica and atpF-H region for R. sachalinensis. Based on these SNP sites, we designed the new R. japonica- specific primer which is able to amplify 300 bp fragment in psbK-I region. A similar strategy was applied for the atpF-H region of R. sachalinensis. These molecular markers would be successfully applied to recognize R. japonica and R. sachalinensis.

고추에서는 역병, 탄저병, 바이러스병 등이 큰 피해를 주고 있기 때문에 내병성 및 고품질계 고추 품종 육성의 중요성이 지속적으로 증가하는 상황이다. 때문에 현재 개개의 분자표지를 한번에 1개씩 분석하는 시스템에서 다수의 분자표지로 고추의 유전자형을 빠르고 정확하게 분석할 수 있는 시스템 개발이 절실히 필요하다. 본 연구에서는 Fluidigm 192.24chip을 이용하여 192개의 고추 개체에 대해 24개의 SNP 분자표지를 한 번에 분석하고자 하였다. 이 방법은 한 번의 실험을 통해 4,608개의 data points를 얻을 수 있다. 이를 위해 본 연구에서는 기 개발된 STS 또는 HRM 분자표지를 대량분석이 가능한 Fluidigm용 SNP 분자표지로 전환하고자 하였으며, 총 191개의 고추 샘플과 24개의 내병성 및 웅성불임 분자표지를 이용하여 실험하였다. 실험에 이용된 분자표지는 세균반점병 저항성, 탄저병 저항성, CMV 저항성, 웅성불임성, TMV 저항성, 역병 저항성, CMS 회복유전자, Potyvirus 저항성, TSWV 저항성 분자표지로서 총 24개를 Fluidigm용 SNP 분자표지로 디자인하였다. 식물재료로는 JN F5 분리집단 96점과 고추 유전자원 91점, GMSK F2 분리집단 4점 등 총 191점의 식물샘플을 이용하였고, 나머지 하나는 음성대조군으로 사용하였다. 192.24chip을 분석한 결과 24개의 분자표지 중 19개의 분자표지가 다형성이 구분되는 것으로 판단되었다. 각각의 분자표지에 대한 정확성을 판단하기 위해 기존의 STS 또는 HRM 분자표지의 분석 결과와 비교하였다. 본 연구를 통해 고추의 유용 형질과 연관된 foreground selection용 multiplexing 분자표지를 개발함으로써 신속하고 저렴하게 분자표지를 동시에 분석할 수 있는 기술을 확보할 수 있을 것으로 기대된다.

고추의 적색소는 고추의 상품성을 가늠하는 중요한 척도이면서 식재료 뿐 아니라 상업적으로도 다양하게 활용되고 있다. 본 연구는 적색소 성분의 함량과 관계하는 QTL 마커를 개발하기 위하여 적색소 성분 분석을 위한 mapping 집단을 육성하였고, 적색소 성분에 대한 QTL mapping을 수행하였다. 적색소 분석을 위한 mapping 집단인 ‘만다린’과 ‘블랙클러스터’를 양친으로 하는 F7 RIL 집단에서의 색도(ASTA value) 분포는 1.64에서 117.26의 범주에 있으며 그 분포 양상은 정규분포를 보여 QTL분석에 적합한 것으로 확인되었다.Mapping 집단의 양친들에 대해서 454 GS-FLX pyrosequencing을 이용한 NGS를 수행하였고, 그 결과 ‘만다린’과 ‘블랙클러스터’각각 120.44Mb와 142.54Mb의 염기서열 데이터를 확보할 수 있었으며, ‘만다린’에서 1,025개, ‘블랙클러스터’에서 1,059개의 SNP들을 확보하게 되었다. 이 SNP들을 HRM 분석에 용이하도록 프라이머를 제작하여 유전자 지도 작성을 수행한 결과 총 246개의 SNP 마커를 이용하여 약 512cM을 설명할 수 있는 21개 연관군의 유전자 지도가 작성되었다. 분석 집단 93계통들에서 측정된 ASTA 값을 이용하여 수행한 QTL 분석 결과 총 6개의 QTL 을 확인하였다. 이들 QTL과 근접한 마커들은 향후 고추의 적색소 함량 연구에 매우 유용한 정보로 활용될 것이며, 아직까지 개발된 바 없는 적색소 함량 연관 마커 개발에 가능성을 열어줄 것으로 기대한다.

2010년에 Nature에 발표된 콩 표준유전체 공개 이후 재배종 및 야생종 콩 유전자원의 전장유전체 재분석 연구는 필연적으로 유전체 정보의 폭발적인 증가와 이들 정보를 이용한 유전체 육종의 시대를 조만간 열 것으로 기대되고 있다. 이에 본 연구에서는 유전체 육종의 시대를 선도하기 위해서 국내 콩 연구진이 수년간 수행한 유전체 육종 연구에서 필수적인 초고밀도 분자표지 genotyping, 표현형 변이의 정밀 카다로깅 및 유전체 육종을 이끌 통계 유전학적 분석이 종합적으로 가능하게 아는 방법 즉, 각종 정보, 유전체 정보, 표현형 정보, 유전자원 정보, 핵심집단 정보 등의 DB를 통합분석을 단일 인터페이스하에서 가능하게 하여 육종가, 유전연구자 등의 모든 콩 연구자가 손쉽게 빅데이터를 단순하게 시각화하여 종합분석이 가능한 인터페이스 개발을 통해서 미래를 이끌 유전체 육종 연구의 현재까지의 결과와 향후 조만간 달성을 목표로 하는 유전체 육종의 새로운 모습에 대한 내용을 제시한다.

고추 탄저병은 국내에서 큰 피해를 일으키는 병 중의 하나이다. 최근에는 우리나라 주요 재배종인 Capsicum annuum에 C. baccatum의 탄저병 저항성을 종간교잡을 통하여 도입한 탄저병 저항성 품종이 보고되고 있다. 고추 탄저병 저항성 품종 육성에 사용된 유전자원은 C. baccatum ‘PBC81’인데, 최근에는 이보다 더 다양한 탄저병 균주범위에 저항성을 보이는 C. baccatum ‘PI594137’을 이용하려고 한다. 따라서 고추의 탄저병 유전자원인 C. baccatum ‘PI594137’의 저항성에 대한 QTL 분석을 수행할 필요가 있는데, C. baccatum과 C. annuum의 종간 후대에서는 종간잡종 불화합성으로 인해 유전자 지도를 그리기가 힘들어 C. baccatum 종내 교잡을 통하여 유전자지도를 작성하였다. 탄저병에 이병성인 C. baccatum ‘Golden aji’와 탄저병에 저항성인 C. baccatum ‘PI594137’을 교잡하여 얻은 F1을 자가수정하여 F2 분리집단 93개체를 유전자지도 작성에 사용하였으며, 양친의 대량 염기서열 분석(NGS)을 통해 찾은 SNP를 바탕으로 HRM 분자표지를 개발하였다. 총 555개의 HRM 분자표지 용 프라이머를 디자인하였으며, 그 중 45.3%인 275개만이 실제로 다형성이 존재하였고, 이를 이용하여 유전자 연관 지도를 작성할 수 있었다. 총 연관거리는 1,057cM이며, 20개의 연관군이 나타났다. Chr. 1, 5 및 6번의 경우 하나의 연관군으로 연결되지 않았으며 나머지 염색체는 모두 하나의 연관군으로 연결되었다. 그리고 reference genome으로 사용된 C. annuum의 physical map과 C. baccatum의 genetic map을 서로 비교하여 보았는데, Chr. 2, 4, 5, 6, 7, 10, 11 및 12의 경우는 약간의 inversion이 있었지만 전반적으로 synteny를 잘 유지하고 있었다. 특히 2개의 translocation을 발견할 수 있었는데, Chr. 1과 8의 translocation 경우는 본 연구 이전에 wild C. annuum, C. frutescens 그리고 C. chinense 등에서도 보고된 것이고, Chr. 3과 9번의 translocation의 경우는 본 실험에서 처음 발견하여 보고하는 것이다. 이 Chr. 3과 9번의 translocation으로 인해 C. annuum과 C. baccatum 사이에 종간불화합이 일어나는 것으로 생각된다. 본 연구 결과는 C. baccatum 종내에서의 최초의 유전자 지도 작성이라는 큰 의미가 있으며, 이를 이용하여 탄저병 저항성 QTL 탐색에 활용될 수 있을 것이며, 또한 C. baccatum의 de novo sequencing 작성에 기초 자료로도 활용이 가능할 것이다.

주요 작물들의 표준유전체, 핵심집단 재분석, 전사체 등의 다양한 NGS 정보가 NCBI와 같은 공개 데이터베이스에 빠르게 축적되고 있다. 현재 NCBI의 SRA(Sequence Read Archive) DB에 등록되어 있는 토마토 유전체(genome) 시퀀싱 데이터만 800건 이상, 파일 크기는 23.5 Tb에 달한다. 그러나 이러한 NGS 데이터로부터 원하는 정보를 추출하기 위해 사용할 수 있는 분석용 대용량 서버 자원 및 빅데이터(big data) 처리 기술이 접목된 생물정보분석 프로그램은 매우 제한적이다. 이에 따라 대용량 서버를 갖추고 있지 않아도 대규모 유전체 데이터를 분석할 수 있도록 Genome Cloud 서버에서 작동하는 웹 기반의 SNP 분석 프로그램을 개발하고, 분석 자동화 컨베이어 QUEUE 시스템을 적용하였다. 이 프로그램은 사용자가 분석하고자 하는 SRA accession을 수집하여 프로그램에 입력하면, 자동으로 NCBI-SRA DB에 접속하여 SRA 파일을 서버로 다운로드하면서 SRA 포맷에서 FASTQ 포맷으로 전환한다. 전환된 FASTQ 파일은 자동으로 SNP 분석 파이프라인에 입력되어 SNP가 추출되고, 결과물은 데이터베이스화 된다. 또한 이 프로그램에는 컨베이어 QUEUE 시스템이 접목되어 IO 버퍼와 같은 시스템 과부하를 막아 효율적으로 분석 파이프라인이 진행된다. 1개 FASTQ 파일이 분석되는 동안, 다음 분석이 진행될 1개 SRA 파일의 다운로드 및 포맷 전환이 자동 진행된다. 위 시스템을 적용하였을 때, 1개 SRA(서열 길이 14Gbp)를 Cloud 서버(16 core CPU, RAM 64Gb 사양)로 다운로드하고 포맷을 전환하는데 약 30분~1시간이 소요되었으며, SNP 분석에는 약 6시간이 소요되었다. Cloud의 장점인 확장성을 적용하여 서버 5대를 병렬로 연결하여 사용할 경우, 500개의 샘플을 한 달 이내에 처리할 수 있을 것으로 예상된다. 현재 약 200여개의 토마토 SRA resequencing 데이터에서 표준유전체 대비 수백만 개의 SNP genotype을 확보하였다. 분석 결과물은 토마토 계통 및 집단 정보를 이용하여 향후 Haplotype, LD 분석 등의 주요 응용 분석을 진행하고, TGsol(http://tgsol.seeders.co.kr)에 데이터베이스로 구축하여 제공하고자 한다.

Citrus canker caused by Xanthomonas citri is a notorious disease affecting a decrease in fruit productivity and quality. Citrus export to USA is also prohibited by the disease. Therefore, development of citrus canker resistant variety is essential and exploitation of markers for molecular breeding is urgent. To develop DNA molecular markers, we performed whole genome resequencing for 8 varieties: 4 citrus canker resistant varieties including C. hybrid ‘Kioymi’ and 4 citrus canker susceptible varieties including C. iyo ‘Miyauchiiyokan’. In total, 642 polymorphic SNPs were detected between resistant and susceptible varieties. Of the 642 SNPs, 50 SNPs were preferably selected based on integrative genomics viewer. To apply the markers in a broad range of citrus variety, we performed genotyping with 6 other varieties very well known as citrus canker resistant and susceptible varieties in addition to previous mentioned 8 varieties. Three of the 50 SNPs were identified as a marker to distinguish citrus canker resistant varieties from susceptible varieties. Secondly, we developed molecular markers to apply for F1 lines crossed by ‘Kiyomi’ and ‘Miyauchiiyokan’. Of the 50 SNPs, we identified 2 SNP markers to distinguish between F1 resistant and susceptible lines. One of them is a resistance gene that plays a role in plant defense mechanism. In this study, we developed 5 molecular marker candidates possible to apply for molecular breeding to develop citrus canker resistant variety. We are working on development of candidate markers related to citrus canker.