1999년 한국과 일본 사이에, 신한일어업협정의 체결배경은 1994년 발효된 ｢유엔해양법 협약｣에 따라 전세계적으로 새로운 해양법질서가 형성된 것에 기인하며, 이러한 새로운 해양법질서를 반영하지 못한 1965년 구 한일어업협정의 전면개정의 필요성에 따른 것이다. “신한일어업협정” 의 공식적인 명칭은 ｢대한민국과 일본국간의 어업에 관한 협정｣이며, 1999년 1월 22일 조약 제1477호로 발효된 협정이다. 신한일어업협정은 한국이 배타 적으로 행사하는 어업권과 상대적으로 우월하게 인정되던 독도영유권을 훼손한 협약으로써 이를 비판하는 학자들과 일반 국민들 사이에는 실패한 협약으로 널리 알려져 있다. 동 협정이 체결된 후 그 효력과 관련하여, ｢협정수역 내의 어업｣에 관하여만 구속력이 발생하는지, 아니면 ｢협정수역 내의 어업 + 영유권｣에 관한 사항에 대하여도 구속력이 발생하는지에 관하여 학자들간에 의견이 양분되어 있으며, 현재까지 지속되고 있다. 전자를 주장하는 견해는 한국정부와 헌법재판소, 그리고 일부 학자들이며, 이들은 동 협정이 어업에 관한 협정으로써 독도영유권에 영향이 없다고 주장한다. 이러한 옹호견해는 동 협정이 종료(파기)되지 않고 지속되기를 바란다. 반면 후자를 주장하는 견해는 동 협정은 어업 외에도 독도영유권에 영향을 미친다고 주장한다. 이들은 동 협정를 종료(파기)하고 새롭게 어업협정을 체결하여야 한다고 주장한다. 이 연구는 후자의 견해에 찬성하였다. 그 근거로서 1965년 어업협정에서는 독도가 공해상에서 통상기선으로부터 12해리 배타적 전관어업수역이 인정되었다. 그러나 1999년 신한일어업협정에서는 독도가 한일의 동등한 주권적 권리가 미치는 공동관리수역에서 단지 영해 12해리만 인정되었다. 따라서 한국의 권리를 인정할 어떠한 배타성이나 특약이 인정된 것이 없으므로, 독도영유권이 훼손된 것으로 본다. 이 연구의 핵심이 되는 신한일어업협정의 체결과정과 관련하여, 김영삼정부 하에서는 한국에 불리한 어업협정과 배타적경제수역(EEZ)의 분리협상, 잠정수역 수용, 독도에 대해서는 전관수역을 불인정하고, 영해 12해리만 갖는 현상유지를 수용하였으며, 공동관리수 역 내에 독도를 위치케 하여 한일 양국의 관할권 행사를 유보하는 안을 사실상 합의하고, 김대중정부에서는 이러한 사항을 법적으로 합의하였다. 신한일어업협정의 체결과정에 대해 김영삼정부 또는 김대중정부 중 어느 정부가 책임을 져야 하는지, 책임소재는 명확하지 않다. 다만, 김영삼정부에서 기본적 사항이 사실상 합의된 후 김대중정부에서 재확인된 후 법적으로 체결되었다. 따라서 그에 대한 책임소재를 분명하게 할 수 있는 체결과정은 여전히 불분명하다.