1994년 무르지 않는 토마토가 처음으로 유전자변형 식품으로 상업화를 승인 받은 이래, 미승인 유전자변형 작물의 유출은 끊임없이 보고 되고 있다. 2000년 Starlink 옥수수 유출 사건 이후에 가장 최근에는 2016년에는 미국에서 수입되는 밀에 미승인 유전자변형 밀이 혼입된 것으로 밝혀 지며 유전자변형 식품에 대한 철저한 규제와 관리가 요구되고 있다. 이에 국외에서는 자국 실정에 맞는 승인 및 미승인 유전자변형 식품의 검사 체계를 확립하여 효율적인 관리를 위해 노력하고 있다. 본 연구에서는 우리나라 실정에 맞는 검사 체계 확립을 위해 유럽 연합, 일본의 승인 및 미승인 유전자변형 식품 검사 체계를 비교ㆍ분석하였다. 일본과 유럽 연합 모두 스크리닝-이벤트 특이적 검사의 순서로 진행되나, 일본의 경우 유럽 연합과 다르게 미승인 유전자변형 이벤트의 검사 체계와 결과 분석에 대한 결정 트리를 이벤트별로 제시하는 특징을 가지고 있었다. 본 연구에서는 기존의 검사 체계를 이용하여, 우리나라에서 사용 가능한 유전자 변형 식품의 검사 체계를 제안하였다.