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pp.567-578
국내 밀 품종 조경, 금강 그리고 중국 밀 품종인 Chinese spring의 genomic DNA를 주형으로 LMW-GS 특이 프라이머세트를 이용하여 3개의 새로운 LMW-GS i 타입 유전자를분리하였고 이들의 분리된 유전자는 각 각 조경 II-2, CSIII-5 그리고 금강 6-12로 명명하였다. 이들의 유추 아미노산을 분석한 결과 20개의 시그널 펩타이드, 이소루신으로 시작하는 N-말단 부분 그리고 글루타민이 많은 반복도메인 그리고 C-말단 부분으로 구성되어 있으며 조경 II-2와 CS III-5는 전형적인 LMW-GS i-type 유전자처럼 C-말단에 8개의 시스테인 잔기가 있었다. 금강 6-12는 특이하게도 하나 더 많은 9개의 시스테인 잔기가 존재하였는데 이 여분의 시스테인 잔기는7번째 시스테인 잔기의 11잔기 앞에 존재하며 TAT(타이로신)이 TGT(시스테인)로 바뀐 결과이다. LMW-i 타입 글루테닌 유전자들 간의 SNP와 InDel을 확인하기 위해서 본 연구에서 클로닝 된 조경 II-2, CS III-5 그리고 이전에 본 그룹에서 확인된 조경 HQ619933와 기존 문헌에 나와 있는 6배 체 밀 유래의 10개의 LMW-GS i 타입 유전자들과 다중염기서열 분석을 실시하였고, 이들 사이에서 15개의 SNP와 1개의 insertion이 확인되었다. 밀 품종 조경의 Glu-A3 단백질을 동정하기 위해 글루테닌을 추출 이차원전기영동을 하고 Glu-A3c 위치의 스팟을 절취하여 in-gel digestion한 후 LC-ESI MS/MS 분석을 수행한 결과 조경의 i 타입 LMW-GS 유전자 좌는 Glu-A3c로 확인되었다. LMW-i 타입 글루테닌 유전자들의 연관 관계를 분석하기 위해 본 연구 그룹에서 클로닝 한 조경 II-2, CS III-5, 금강 6-12 그리고 조경 HQ6199333와 Genebank DB의 35개의 LMW-i 타입 글루테닌 유전자의 유추 아미노산 서열을 이용하여 Phylogenic tree를 완성하였다. 이들 39개의 계통도 분석 결과 이배체 밀과 4배체 밀의 LMi 타입 글루테닌이 육배체 밀의 LMW-i 타입 글루테닌과 크게 나눠지는 것을 확인하였으며, 육배체 밀의 LMW-i 타입 글루테닌들은 Glu-A3a부터 GluA-3g까지 7개 subgroup으로 나눠지는 것을 확인하였다. 금강 6-12는 GluA-3a와 GluA-3c 사이에 존재하였고 조경 II-2와 CS III-5는 GluA-3d와 일본 연질 밀인 농림 61의 AB062878과 같은 subgroup에 존재하였고 조경 HQ6199333은 Glu-A3c subgroup에 위치하였다. LMW-i 타입 글루테닌 유전자들의 유추 아미노산 다중서열분석결과 반복 도메인은 length polymorphism은 179～149개 정도의 long 타입과 91, 51, 10, 2개의 short 타입으로 나눠지고 이것은 long 타입과 short 타입 LMW-i 타입 글루테닌 유전자를 구분 할 수 있는 마커의 근거가 된다.
Three low molecular weight (LMW) glutenin subunit genes were isolated from hexaploid wheat cultivars (Triticum aestivum. L) using LMW-GS specific primers and designated as Jokyung II-2, CS III-5 and Keumkang 6-12, respectively. All sequences were classified as LMW-i type genes based on the presence of an N-terminal isoleucine residue. All comprised of four regions, the signal peptide, N- and C- terminal domains, and a repetitive domain. Although they showed high similarity with other LMW-i type genes from hexaploid bread wheat, they also displayed unique features. Particularly, Keumkang 6-12 subunit contained an extra cysteine residue in the C-terminus except for eight conserved cysteines, which resulted from a single-nucleotide polymorphism (SNP) of the A–G transition, namely tyrosine-cysteine substitution at position 335 from the N-terminal end. In addition, a total of 15 SNPs and one insertions/deletions (InDels) were detected among Jokyung II-2, CS III-5 and Jokyung HQ6199333 and 10 other LMW-i genes. Two dimensional gel electrophoresis and LC-ESI MS/MS analysis revealed that LMW i-type glutenin subunit of the Jokyung is Glu-A3c. The phylogenic analysis showed that LMW i-type genes were divided roughly into diploid and hexaploid groups and the hexaploid were further classified into 7 subgroups (Glu-A3a~g). We also found length polymorphism in the repetitive domain showing 2~179 amino acid residues variation among the previously published LMW-i type glutenin subunits. The length polymorphism can be used as reliable genetic marker for use in marker-assisted breeding to select for specific alleles of the quality-determining locus in wheat breeding program.
