내장산국립공원지역에서 확인된 환경부 지정 멸종위기종은 진노랑상사화, 노랑붓꽃, 대흥란 및 백운란 4분류군이었으며, 식물구계학적 특정식물종은 총 159분류군으로 I 등급에 해당하는 분류군은 옥녀꽃대, 가는갈퀴나물 및 말오줌때등으로 91분류군, II 등급에 해당하는 분류군은 참개별꽃, 퍼진고사리 및 토끼고사리 등으로 17분류군, III 등급에 해당하는 분류군은 고려엉겅퀴, 어리병풍 및 솜분취 등으로 32분류군, IV 등급에 꼬리말발도리, 갈사초 및 측백나무 등으로 9분류군, V 등급에 백양더부살이, 진노랑상사화 및 백양꽃 등으로 10분류군이 확인되었다. 한국고유생물종은 애기닥나무, 참개별꽃 및 가는장구채 등으로 총 40분류군이 확인되었다. 굴거리나무림(제 91호)와 비자나무림(제 153호)이 천연기념물로 지정되어 보호되고 있다. 귀화식물은 닭의덩굴, 털여뀌 및 소리쟁이 등으로 30분류군이 확인되었고, 생태계교란야생식물은 나타나지 않았다.
Endangered species designated by The Ministry of Environment in region of Naejangsan National Park were found Lycoris chinensis var. sinuolata K.H.Tae & S.T.Ko, Iris koreana Nakai, Cymbidium macrorrhizum Lindl and Vexillabium yakushimensis (Yamam.) F.Maek.(4 taxa). The floristic special plants were recorded to a total of 159 taxa; that is, class I species (91 taxa) were containing as Chloranthus fortunei (A.Gray) Solms, Vicia anguste-pinnata Nakai and Euscaphis japonica (Thunb.) Kanitz, etc, class II species (17 taxa) were Pseudostellaria coreana (Nakai) Ohwi, Dryopteris expansa (C.Presl) Fraser-Jenkins et Jermy and Gymnocarpium dryopteris (L.) Newman, etc, class III species (32 taxa) were containing; Cirsium setidens (Dunn) Nakai, Parasenecio pseudotaimingasa (Nakai) B.U.Oh and Saussurea eriophylla Nakai, etc, class IV species (9 taxa) were Deutzia paniculata Nakai, Carex ligulata Nees and Thuja orientalis L., etc, and class V species (10 taxon) were Orobanche filicicola Nakai, Lycoris chinensis var. sinuolata K.H.Tae & S.T.Ko and Lycoris sanguinea var. koreana (Nakai) T.Koyama, etc. Endemic species of korea were identified 40 taxa such as Broussonetia kazinoki var. humilis Uyeki, Pseudostellaria coreana (Nakai) Ohwi and Silene seoulensis Nakai, etc. Plant species designated as Natural Monument were 2 species that Daphniphyllum macropodum forest(No. 91) and Torreya nucifera forest(No. 153) receive protection. The naturalized plants were identified 30 taxa; Fallopia dumetorum (L.) Holub, Persicaria orientalis (L.) Spach and Rumex crispus L., etc. Among them the ecosystem disturbance wild plants was not discovered.