서해안 지역 논에서 벼 줄기속을 가해하고 있는 벼밤나방 유사 유충과 논 주변에 설치한 벼밤나방 성페로몬 트랩에 포획된 벼밤나방 유사 성충으로부터 게놈 DNA 를 추출하고 미토콘드리아 시토크롬옥시다제I(mtCOI) 부분영역을 비교하였다. mtCOI 염기서열로부터 추론된 아미노산 서열의 경우 한 위치에서 국내 채집 나방 모두가 GenBank 데이터베이스에 등록되어 있는 중국산 벼밤나방 일부와 다른 아 미노산(Gly vs. Ser) 변이가 관찰되었다. 그리고 동일 지역 채집 나방에서도 일부 추론된 아미노산에서 변이가 있었다. 이러한 결과가 벼밤나방 종내변이 때문인지 다른 종이 섞여서 나타난 종간변이 때문인지는 앞으로 명확한 규명이 필요할 것으 로 보인다. 한편 종동정을 위한 참고자료로서 핵내 리보솜 RNA 유전자의 ITS2(rRNA internal transcribed spacer 2) 전체영역을 해독하고 비교하였다. 최근 우리나라에 발생하여 피해를 주고 있는 벼 줄기속 가해 나방의 종류를 밝히고 분포 지역과 생리·생태, 약제저항성 등에 관한 연구가 필요할 것으로 보인다.