하천생태계는 인류의 생존을 위한 담수자원의 공급처로서 지속적인 보전과 관리가 필요하다. 우리나라의 하천생태계는 지난 반세기동안 진행된 개발의 과정에서 크게 훼손되었으며, 그곳의 생물다양성 또한 크게 피해를 받았다. 1980년대부터 전국적인 하천에서 하천환경과 생물군의 모니터링이 실시되었다. 수서곤충이 대부분을 차지하는 저서성 대형무척추동물은 하천의 수질과 환경을 대변하는 대표적인 지표생물군으로서 종의 다양성이 높고, 개체수가 풍부하며, 이동력이 적어 정량채집이 용이하므로 수환경 평가의 모니터링에 많이 이용된다. 1970년대 이래 우리나라에서는 저서성 대형무척추동물의 각 목에 대한 분류학적 연구가 시작되었으며, 이를 기반으로 국외에서 개발된 생물지수를 도입하여 저서성 대형무척추동물 군집에 따른 수질평가가 이루어졌다. 또한 전국적으로 모니터링이 지속적으로 수행됨에 따라 하천생태계에 서식하는 생물학적 데이터베이스가 구축되었으며, 이를 기반으로 우리나라 하천생태계에 적용하기에 적합한 생물지수가 개발되기 시작했다.
우리나라에서 초창기에 이용한 생물학적 수질평가 방법은 저서성 대형무척추동물의 종다양도지수(Shannon diversity)를 오수생물계열 4단계에 적용한 방법이 1970년대부터 널리 사용되었다. 1992년에 오수생물계(Saprobic system)를 기반으로 한 오수생물지수(Yoon-Kong’s Saprobic Index), 종합생물점수(TBS) 및 군오염도지수(GPI)가 개발되었고, 1999년에 지표생물에 개별 분류군의 환경질 점수를 부여하여 수질을 평가하는 방법인 저서무척추동물 생태점수(ESB)가 개발되었다. 2006년에 100개의 지표생물군에 오탁계급치와 지표가중치를 부여하여 하천의 오염도를 평가하는 한국오수생물지수(KSI)와 이를 개량한 방법인 한국생물지수(KBI)가 개발되었다. 또한 상위분류군의 지표분류군을 이용한 평가법(BMWP-K 등)이나 다변수 메트릭을 이용한 수질평가법(KB-IBI) 등 다양한 평가방법이 개발되었다. 특히, 저서무척추동물생태점수(ESB)와 한국오수생물지수(KSI)는 환경부의 전국적인 수질측정망에 사용하는 대표적인 생물지수로 이용되고 있다. 또한, 분류학적 오류를 줄이면서 변별력이 높은 반면, 산출이 간편한 하천생물지수(SBI)가 개발되었다.