고추에 함유되어 있는 주요 색소는 카로테노이드(carotenoids) 계열의 물질인 캡산틴(capsanthin), 캡소루빈(capsorubin), β-카로틴(carotene) 등이다. 카로테노이드가 항암, 항산화, 면역력 증가 등에 효과가 있는 것이 알려지면서 고색소 고추 품종에 대한 소비자의 욕구가 증가하고 있다. 따라서, 본 연구에서는 고색소 고추 품종 육성에 활용할 수 있는 총 적색소 간편 분석법을 개발하고자 하였다. 그 결과, 96-wells 폴리스틸렌 마이크로플레이트와 ELISA 판독기를 이용한 분석 방법을 개발하였다. 적색소 측정용 파장 분석에 분광광도계를 이용하지 않고 450nm 필터가 장착된 ELISA 판독기로도 총 적색소 분석이 가능하였다. 하지만 아세톤으로 추출한 색소추출물을 96-wells 폴리스틸렌 마이크로플레이트에 직접 분주할 경우 플레이트 표면이 변색되어 색소를 정확하게 측정할 수 없었다. 그러나 아세톤 색소추출물을 메탄올로 10배 희석한 용액을 사용할 경우, 플레이트 표면과 용액 내 색소 성분에 영향을 주지 않았을 뿐만 아니라 ASTA-20.1법에 의한 색소 측정 결과와도 높은 상관관계를 보였다. 또한 총 적색소 추출 조건으로는 고춧가루 0.1g을 아세톤 10ml에 첨가하고 실온에서 4시간 동안 교반하는 것이 적합하였다. ELISA 판독기를 이용한 색소분석법(Microplate법으로 명명)과 본 실험에서 검정된 색소추출법은 대량의 시료를 처리할 수 있을 뿐만 아니라 아세톤 폐액의 발생량을 ASTA-20.1법의 1/10 수준으로 줄일 수 있어 실제 고추 육종 현장에서 고색소 계통을 선발할 때 매우 유용할 것으로 판단된다.