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본 연구는 고추의 다양한 품질 관련 특성 연구를 위한 분자육종시스템 구축의 기초 연구로서 특히 고추의 매운맛과 다양한 색소 등에 초점을 맞추어 연구를 수행하고 있다. 시험재료는 국립원예특작과학원에서 지난 2005년부터 육성해온 고세대(F7) RIL 집단을 이용하고자 하며, 이 집단의 자방친 계통인 “만다린” 품종과 화분친으로 사용된 “블랙클러스터”의 성숙과로부터 발현되는 전사체 프로파일 작성을 위하여 454 Genome Sequencer(GS)-FLX Titanium System을 이용한 전사체 염기서열 분석을 수행하였다. 자방친으로 사용된 “만다린”의 성숙과색은 오렌지색이며, 매운맛이 없는 피망형 품종이다. 화분친으로 사용된 “블랙클러스터”의 미숙과색은 보라색, 성숙과색은 진한 붉은색으로 매운맛이 청양보다 더 높은 매우 작은 삼각형 모양의 과형 특성을 보인다. 염기서열 분석 결과 “만다린”의 경우 총 279,177read(average length=431bp)를 읽었으며, 이들은 총 204,288 contigs와 22,217 singleton으로 조합되었다. 한편 “블랙클러스터”는 총 316,377reads(average length=450bp)가 분석되었으며, 이들은 총 256,630 contigs와 13,153 singleton으로 조합되었다. 분석된 전사체들에 대한 기존 유전자 데이터베이스를 근거로 예상 유전자 기능성 분석 수행 결과 “만다린”은 18개의 FunCat 카테고리로, “블랙클러스터”는 16개의 카테고리로 분류되었다. 크게 세가지 GO(Gene Ontology)로 구분해 봤을 때, Biological process에 관여하는 전사체들은 각각 21%와 24%였으며, Cellular component 관련으로 23%, 27%, 그리고 Molecular function으로 유추되는 전사체들은 23%, 28%를 차지하는 것으로 확인되었다. 본 연구를 통해 확보된 전사체 프로파일과 염기서열들을 기초로 고추 품질 관련 2차 대사물질들의 생합성 과정에 관여하는 전사체들에 대한 발현 비교 분석과 SNP, SSR 등의 마커 개발을 위한 연구가 진행 중이다.
