감귤의 색소 중 널리 분포되어있는 flavonoid와 limomoid 그리고 carotenoid들의 항암성을 비롯한 생리활성에 대한 연구결과들이 과일의 기능성식품으로서 가치를 재조명하고 있다. 본 연구에서는 기능성이 있는 색소물질에 대한 분석을 통하여 색깔돌연변이 감귤의 품종등록에 필요한 데이터를 제공하고 품종의 신규성과 유용성을 제공하여 품종화에 기여하고자 수행되고 있다. 연구를 위한 궁천조생의 가지변이인 붉은색을 띄는 자연발생적 돌연변이과실을 확보하였다. 색깔돌연변이체 특성을 분석한 결과 과실의 종·횡경, 무게, 과피두께, 가용성 고형물 및 유기산함량은 유의차(p<0.025)가 없었다. 변이체의 L(명도)는 46.5, a(적녹도)9.2, b(황청도)22.6 으로 대조군보다 +2.2 적녹도와 +6.6의 황청도가 측정되었다. 과피의 80℃열수추출물과 메탄올추출물의 DPPH radical scavenging test에서는 Vtiamin C 만큼의 좋은 활성을 나타내었다. 대조군과 색깔돌연변이체의 과피 FT-IR분석 결과 변이체가 protein/amide Ⅰ과 Ⅱ(1,500-1,700cm-1) 지역에서 빠른 감소를 보여주는 것을 제외하고는 유사하였다. HPLC를 이용한 분석에서는 변이체의 성숙한시기 과피에서의 violaxanthin함량이 대조군보다 높은 함량을 나타내었다. 현재 색깔돌연변이체를 대상으로 분석된 결과와 계획 중인 flavonoid분석등의 기능성분석을 통하여 변이체가 갖고 있는 우수한 형질을 조사하여 육성품종으로서의 가치를 조명하고자한다.