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고추에서는 역병, 탄저병, 바이러스병 등이 큰 피해를 주고 있기 때문에 내병성 및 고품질계 고추 품종 육성의 중요성이 지속적으로 증가하는 상황이다. 때문에 현재 개개의 분자표지를 한번에 1개씩 분석하는 시스템에서 다수의 분자표지로 고추의 유전자형을 빠르고 정확하게 분석할 수 있는 시스템 개발이 절실히 필요하다. 본 연구에서는 Fluidigm 192.24chip을 이용하여 192개의 고추 개체에 대해 24개의 SNP 분자표지를 한 번에 분석하고자 하였다. 이 방법은 한 번의 실험을 통해 4,608개의 data points를 얻을 수 있다. 이를 위해 본 연구에서는 기 개발된 STS 또는 HRM 분자표지를 대량분석이 가능한 Fluidigm용 SNP 분자표지로 전환하고자 하였으며, 총 191개의 고추 샘플과 24개의 내병성 및 웅성불임 분자표지를 이용하여 실험하였다. 실험에 이용된 분자표지는 세균반점병 저항성, 탄저병 저항성, CMV 저항성, 웅성불임성, TMV 저항성, 역병 저항성, CMS 회복유전자, Potyvirus 저항성, TSWV 저항성 분자표지로서 총 24개를 Fluidigm용 SNP 분자표지로 디자인하였다. 식물재료로는 JN F5 분리집단 96점과 고추 유전자원 91점, GMSK F2 분리집단 4점 등 총 191점의 식물샘플을 이용하였고, 나머지 하나는 음성대조군으로 사용하였다. 192.24chip을 분석한 결과 24개의 분자표지 중 19개의 분자표지가 다형성이 구분되는 것으로 판단되었다. 각각의 분자표지에 대한 정확성을 판단하기 위해 기존의 STS 또는 HRM 분자표지의 분석 결과와 비교하였다. 본 연구를 통해 고추의 유용 형질과 연관된 foreground selection용 multiplexing 분자표지를 개발함으로써 신속하고 저렴하게 분자표지를 동시에 분석할 수 있는 기술을 확보할 수 있을 것으로 기대된다.
