농림축산검역본부에서 규제병해충 또는 비검역병해충 및 수입 금지식물․금지지역․금지병해충을 지정하거나 조정 하는 경우 병해충 확인․위험평가․위험관리의 3단계의 순서로 위험분석을 실시한다. 병해충의 확인단계에서는 국내분 포 및 식물에 피해 여부, 발생예찰 여부 등을 검토하게 되고 다음 단계인 위험평가를 실시하게 된다. 위험평가는 유입가능성, 정착가능성, 확산가능성 및 경제적 중요성에 대해 세부항목별 위험평가요소를 평가하여 그 결과를 위험관리에 적용하여 금지병해충 적용여부 및 별도의 식물위생 안전조치 요구 여부 등을 결정하게 된다.
‘12년에서 ‘15년(4년간)은 이미 검역병해충으로 규제하고 있는 관리병해충 및 잠정규제병해충 2,176종을 대상으로 위험도 재평가를 실시하였고, ‘16년에는 수입검역과정에서 최초 검출된 병해충과 해외병해충발생정보 등을 통해 수집된 새로운 병해충 129종에 대한 위험평가를 진행 중에 있으며, 새로운 수입금지식물의 수입허용을 위해 29개국 18품목에 대해 수입위험분석을 추진하고 있다.