특정형질과 관련된 유전자 특이적 분자마커를 개발하는 과정은 육종의 효율을 높이는 매우 중요한 과정이나 기술적으로 근동질계통간 유전체 수준에서 다형성을 발굴하는 것은 다양한 데이터베이스 마이닝기법을 사용한다 하더라도 결과 예측이 불확실한 작업이다. 더욱이 근동질계통간 다형성이 발견되었다 하더라도 그것이 어떤 형질과 연관되어 있는지를 밝히는 것은 전혀 별개의 실험적 분석이 필요하다.
본 실험에서는 유전체수준에서 높은 유사성을 가지고 있는 자포니카 타입 벼들간의 교배조합을 대상으로 하여 다양한 형질이 분리하는 200여 계통을 대상으로 하여 전사조절유전자집단에서 발굴한 근동질계통간 유전자 특이적 분자마커를 이용하여 46개의 표현형과의 연관관계를 통계 분석하였다. 두 개의 서로 다른 벼 염기서열 데이터베이스가 사용되었으며 다양한 벼 염기서열 데이터마이닝 기법이 사용되었다. 본 실험을 통하여 특정 유전자와 밀접하게 연관된 부위의 다형성은 유전자 개시코돈과 가까울수록 근동질계통내에서 발견되는 다형성의 분포와 비교적 정확한 분리패턴을 보이는 것을 발견하였다. 또한 몇 개의 특정형질과는 고도의 유의성을 보이는 유전자 특이적 분자마커를 발견하였다.

• 김민진(서울시 건국대학교)
• 박나영(서울시 건국대학교)
• 강경호(경기도 수원시 농촌진흥청 작물과학원)
• 정우석(서울시 건국대학교) 교신저자