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기능성식품은 안전성과 기능성이 결합된 형태로서 인체의 영양소를 조절하거나 생리학적 작용에 영향을 주어 질병의 예방 또는 완화 등과 같은 유용한 효과를 얻기 위해 섭취하는 식품으로, 특히 건강기능식품은 인체에 유용한 기능성을 가진 원료나 성분을 사용하여 제조 가공한 식품을 의미한다. 물질특허 제도의 도입, WTO/FTA 협상에 따른 시장개방 및 기후 변화로 자국의 농산 식품의 가치 향상을 위하여 단순 기능성평가에 서 식생활, 유전체형, 나이 등을 고려하는 목적형 기능성식품 혹은 소재를 개발하는 추세이다. 국내 농식품 기능성 연구는 최근 오믹스(transcriptomics, metabolomics) 기술을 이용한 대사체, 생체이용률 (bioavailability) 및 영양유전학적 기능 해석을 통한 생체내 바이오마커(biomarkers) 탐색 및 구축으로 생체 수준 의 농축산식품 기능성 평가 기준을 확립하고자 하고, 기능성 농식품의 유효성분 탐색 및 세포와 동물 수준의 기능성평가 수준을 탈피하여 인체 섭취시 생리활성기능을 유전자 수준에서 구명(nutrigenomics)함으로 맞춤형 및 신기능 식품(nutraceuticals)을 개발하고자 한다. 또한, 국내 기능성 농식품의 목적성분(target components)의 안정성 및 잉여생산 체계 구축을 위한 저비용 고효율 생산 공정 개발로 기능성식품 가공(processing) 기술의 국제적 leader 역할을 수행하고 하며, 국내 고품질 농축산 기능성식품의 고유 브랜드 가치 창출을 통한 건강기 능식품의 내수화 및 세계화 기반을 구축하는데 중점을 두고 있다.
