담배가루이(Bemisia tabaci)는 600여 종 이상의 넓은 기주 범위를 가지며, 특히 토마토에는 토마토황화잎말림바이러 스(TYLCV: Tomato yellow leaf curl virus)를 매개하여 심각한 피해를 입히는 흡즙성 해충이다. 본 연구에서는 지역에 따른 담배가루이의 유전적 유연관계를 확인하기 위해 기 개발된 8개의 microsatellite marker(Dalmon et al., 2008)를 사용하여 국내 17개 지역 및 인도네시아 2개 지역의 토마토에서 채집한 담배가루이 암컷 성충의 단편분석을 통해 지역 간의 유전적 다양성을 비교하였다. 그 결과 19개 지역에서 평균 allele는 1.875~9.000, 평균 Observed heterozygosity(HO)는 0.134~0.734, 평균 Expected heterozygosity(HE)는 0.184~0.751, 평균 Inbreeding coefficient(FIS)는 0.023~0.880의 범위로 나타났으며, 이러한 유전자형 데이터를 이용하여 유전적 클러스터를 분석한 결과 총 2개의 클러스터로 나눌 수 있었다. 본 연구를 통해 지역 별 다양한 환경 조건에 따라 유전적 구조의 차이가 다르게 나타나는 것을 확인하였으며, 유전적 유연관계 분석을 통해 국·내외 담배가루이 개체군의 유전적 특성을 밝힐 수 있을 것으로 생각된다.