농작물의 수분 매개자이며 생태계 유지에 필수적인 역할을 하는 꿀벌의 노제마병(nosemosis)은 꿀벌 집단 붕괴현상(colony collapse disorder: CCD)의 원인 중 하나로 알려져 있다. 또한, 노제마병은 봉군 약화를 초래할 뿐 아니라 여러 가지 양봉 산물의 생산성을 낮추는 원인이기도 하다. 국내에서는 Nosema ceranae가 노제마병의 주요 병원체로 알려져 있다. 노제마 감염을 확인하기 위해서는 꿀벌의 중장을 적출한 후 노제마 포자의 확인 및 계수를 통해 감염 수준을 평가할 수 있다. 본 연구에서는 더욱 빠르고 정확하게 노제마 감염 수준을 평가할 수 있는 새로운 방법으로 포자 염색법과 qPCR 방법을 개발하였다. 노제마 포자에 대해 특이적인 염색이 가능한 Fluorescent Brightener를 이용하여 노제마 감염 꿀벌 중장을 염색한 결과, 형광 발현으로 노제마의 감염 여부를 확인할 수 있었다. 또한, 중장내 포자량에 비례한 형광 발현도 확인할 수 있었다. 그러나, 노제마 감염에 대한 특이도 및 포자량에 비례한 형광 발현 민감도는 신뢰하기 어려웠다. 그에 비해, 노제마 특이 유전자를 이용한 qPCR 방법은 노제마의 감염 여부 뿐만 아니라 포자량에 비례한 감염 수준 결정이 가능함을 확인하였다. 특히, 많은 시료들에서 노제마 감염 수준의 신속하고 정확한 평가에 qPCR 방법은 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대되었다.