본 연구는 1996년 도입된 정부출연연구기관의 연구과제 중심 운영제도 (Project-Based System, PBS)가 30년간 한국 국가혁신시스템에서 수행한 기능과 그 부작용, 2026년을 기점으로 진행되는 Post-PBS 체제 전환의 정책적 함의를 제도변화 관점에서 분석한 다. 분석의 핵심은 (1) PBS가 어떠한 정치·행정·재정적 논리 속에서 도입·고착화되었는지, (2) PBS가 연구행태(과제 파편화, 단기 실적주의, 연구자 자율성 약화)와 성과구조에 어떤 메커니즘 으로 영향을 미쳤는지, (3) 2025년 이후 공식화된 PBS 폐지·단계적 전환 논의가 어떠한 제도적 위험(도덕적 해이, 승자독식, 다중 주인 문제)을 동반하는지이다. 이를 위해 신공공관리론(NPM), 주인-대리인 이론, 자원의존이론, 제도적 동형화라는 네 가지 이론을 적용하고, 국내 선행 연구 및 정부·정책자료 등을 결합하여 제도 궤적을 재구성한다. 아울러 주요국(독일, 미국, 영국) 사례 와 비교하여 한국형 PBS 도입 및 운영의 문제 요인들을 규명한다. 마지막으로 본 연구는 임무 중심 R&D 전환을 제도적으로 담보하는 Post-PBS 정책 과제를 제안한다.

This study examines the institutional trajectory of the Project-Based System (PBS) in South Korean Government-funded Research Institutes (GRIs) and analyzes the policy implications of the Post-PBS transition beginning in 2026. Grounded in New Public Management (NPM), Principal-Agent Theory, Resource Dependency Theory, and Institutional Isomorphism, the research explores the political and fiscal drivers of PBS lock-in and its unintended consequences, such as project fragmentation, short-termism, and eroded researcher autonomy. Further, this study identifies potential institutional risks in the upcoming transition including moral hazard and the multi-principal problem through domestic policy analysis and comparative case studies of the US, UK, and Germany. The study concludes by proposing post-PBS policy tasks to institutionally secure the transition to mission-oriented R&D.

<목 차>
국문초록
Abstract
Ⅰ. 서 론
Ⅱ. 이론적 배경 및 선행연구 검토
    1. PBS의 개념
    2. 신공공관리론과 경쟁의 논리
    3. 주인-대리인 이론과 다중 주인 문제
    4. 자원의존이론과 수탁 의존딜레마
    5. 제도적 동형화와 획일화된 연구행태
    6. 이론적 분석 틀 종합 및 선행연구 검토
Ⅲ. 연구방법론
Ⅳ. 한국 PBS 제도의 변천사
    1. 시기별 변천 개관
    2. 이론적 틀에 따른 분석
    3. 소결
Ⅴ. 주요국 사례 분석
    1. 독일 프라운호퍼(Fraunhofer): 연구 혁신 협약과 신뢰의 제도화
    2. 미국 DOE 국립연구소: GOCO 거버넌스 및 LDRD의 법제화
    3. 영국 Catapult 네트워크: 3분의 1 모델과 중개조직의 공공성
    4. 사례 종합 비교
Ⅵ. PBS 체제 전환의 평가 및 정책 과제
    1. Post-PBS 전환 정책 논리 및 기대효과
    2. Post-PBS 전환 리스크
    3. 정책 과제(안)
Ⅶ. 결 론
참고문헌

• 구본진(한국기술교육대학교 경영학부 조교수) | Bonjin Koo (Assistant Professor, School of Management, Korea University of Technology and Education)