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생물학적 자극 통제 수단으로 활용하기 위한 돼지 페로몬성 냄애 물질의 탐색: 2-(Cyclohexy1oxy)tetrahydrofurane 유도체와 Porcine Ordorant Binding Protein 사이의 결합 친화력에 관한 비교분자 유사성 지수분석 (CoMSIA)
The Search of Pig Pheromonal Ordorants for Biostimulation Control System Technology: IV . Comparative Molecular Similarity Indices Analyses (CoMSIA) on the Binding Affinities between Ligands of 2-(Cyclohexy1oxy)-tetrahydrofurane Derivatives and Porcine Ordorant Binding Protein
돼지 페르몬성 분자를 탐색하기 위하여 일련의 green odorant로서 기질 분자인 2-(cyclohexyloxy)tetrahydrofurane 유도체들의 정량적인 구조와 수용체인 porcine odorant binding protein (pOBP) 사이의 결합 친화력 상수(p(Od)50)에 대한 비교 분자 유사성 지수 분석(CoMSIA)을 실행하였다. 가장 양호한 CoMSIA 모델(I-AI)은 기질 분자내 입체 중심의 절대 배열이 I: C1'(R),C2(S)인 분자를 atom based fit 정렬하였을 경우의 입체장 조건에서 유도되었으며 PLS 분석 결과, 예측성이 r2cv.(q2)=0.856 그리고 적합성이 r2ncv.=0.964이었다. 모델의 CoMSIA 등고도 상, pOBP와 냄새 분자 사이의 상호작용으로부터 가장 높은 결합 친화력을 나타내는 분자의 구조적 특징들을 이해할 수 있었다.
To search of a new porcine pheromonal odorants, the comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA) between porcine odorant binding protein (pOBP) as receptor and ligands of green odorants 2-(cyclohexyloxy)tetrahydrofurane derivatives as substrate molecule were conducted and disscused quantitatively. In the optimized CoMSIA model (I-AI) with chirality (I: C1'(R), C2(S)) in substrate molecules and atom based fit alignment (AF) of the odorants, the statistical PLS results showed the best predictability of the binding affinities based on the LOO cross-validated value r2cv. (q2=0.856) and non cross-validated conventional coefficient (r2ncv.= 0.964). The structural distinctions of the highest active molecules were able to understand from the interaction between pOBP and green odorants in the contour maps with CoMSIA model.
