심화되고 있는 중소기업의 인력부족 현상은 중소기업 기술경쟁력 저하의 원인으로 지목되고 있다. 이에 정부는 중소기업의 연구인력 채용시 인건비 일부를 지원하는 사업을 정책수단으로 활용하고 있다. 현재 연구인력에 대한 인건비 지원사업은 채용한 인력의 인건비 일부를 지원하는 선채용 후지원 방식과 정부 R&D사업 수행 중 채용한 인력에 대해 인건비를 지원하는 선지원 후채용 방식으로 추진되고 있다. 본 연구에서는 지원방식에 따른 두 지원사업의 효과성을 매출액, 종업원 수, 연구개발비, 연구원 수, 석·박사 연구원 수로 구분하여 분석하였다. 실증분석 결과, 석·박사 연구인력 고용에 있어서 고용보조금 지원사업이 R&D자금 출연 지원에 비해 통계적으로 유의미하게 높았다. 지역별로는 비수도권, 업종별로는 제조업의 효과가 수도권, 비제조업에 비해 상대적으로 고용보조금 지원사업의 효과가 크게 나타났다.