분주 크기와 배지 종류가 고추냉이 생존율과 생육에 미치는 영향을 알아보고자 환경이 조절된 생장상에서 60일간 재배하였다. 수태로 감싼 근경 크기(직경) 5mm 이상 분주 묘의 생존율은 100%였으며, 생육(초장 12cm 내외, 엽수 3~4장)은 양호하였다. 생육 60일의 분주 묘는 초장 20cm 이상, 엽수가 1~2장 증가하였다. 루톤 분의제 처리는 생존율과 생육에 효과가 없었다. 배지 종류(마사, 난석)에 따른 직경 5~10mm 크기의 분주 묘를 담액 수경으로 재배하였을 때 83% 이상의 생존율을 보였으며 배지 종류에 따른 생육 차이는 없었다. 따라서 근경 크기 5mm 이상의 고추냉이 분주를 환경이 조절된 생장상에서 30일간 수경재배 방식으로 순화하여 고추냉이 건전 묘를 생산할 수 있다.