분자생태학은 기능과 특성이 규명된 분자 마커를 이용하여 대상 생물의 다양한 생태학적 현상을 이해하는 학문분야이다. 2000년도와 2010년도 초반에 각각 유입되어 산림 및 농업 자원에 경제적 피해를 일으키고 있는 미국선녀벌레와 갈색날개매미충의 생태 특성을 분자생태학적 측면에서 분석하여 보았다. 미국선녀벌레 국내 집단은 국외 집단에비해 유전형이 단순하였으며, 북미집단보다 유럽 집단에 보다 더 가까운 유전적 근연성을 나타내고 있었다. 중국에서유입된 것으로 추정되는 갈색날개매미충은 분자 계통 분석에서 Pochazia 속이 아닌 Ricania 속에 포함되었으며,조사 대상 집단 중에서 전남 남원 집단의 유전적 다양성이 가장 높은 것으로 나타났다. 분자생태학을 통한 연구결과는 계통 분석 뿐만 아니라 근원지 추적 및 확산 경로 예측에 필요한 포괄적인 정보를 제공하여 효과적인해충군 관리에 기여할 수 있을 것이다.