재래흑염소는 다른 품종과의 유연관계, 기원 분석, 외래교잡염소와의 유전적 구조 및 평가 같은 유전학적 연구는 현재 부족한 실정이므로 본 연구는 재래흑염소와 외래교잡염소의 유전적 구조 및 혼합 양상 분석을 위해 실시하였다. 11개의 Microsatellite (MS) marker를 활용하여 재래흑염소 261두, 외래교잡염소 94두의 대립유전자형을 분석하였으며, 이를 통해 기초통계량 및 유전적 구조 및 혼합 양상 분석을 수행하였다. 그 결과 연구에 활용된 marker의 유전적 다양성 기초통계량 결과 재래흑염소의 observed heterozygosity, polymorphism information content (PIC) 수치가 각각 0.388 ~ 0.772, 0.362 ~ 0.754이며, 외래교잡염소 집단의 observed heterozygosity, PIC 수치는 각각 0.553 ~ 0.840, 0.664 ~ 0.915로 확인되어, 유전적 다양성 분석을 수행하기에 충분한 수치를 나타내었다. 또한, 재래흑염소 주요 대립유전자형 빈도와 외래교잡염소의 주요 대립유전자형 빈도를 비교하였을 때, marker별 대립유전자형의 빈도 분포에서 뚜렷한 차이를 보여, 두 집단 간, 재래흑염소 계통 간 대립유전자형 의 빈도 분포로 인한 유전적 구조의 차이를 확인하였다. 그리고 STRUCTURE 결과, K = 2가 최적의 K로 계산되었으며, 재래흑염소와 외래교잡염소 간의 유전적 혼합은 존재하지 않는 것으로 판단되었다. 따라서 본 연구 결과는 재래흑염소의 고유성을 제시할 수 있는 과학적 근거자료이며, 재래흑염 소 계통 간의 식별을 위한 기초 자료로 활용 가능할 것이다.