본 연구는 2000년부터 2010년까지 한국거래소의 유가증권시장과 코스닥시장에 상장된 기업을 대상으로 기업의 재무적 특성변수가 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 미치는 영향을 실증분석 하였으며, 주요한 분석결과는 다음과 같다. 기업규모는 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 양(+)의 영향을 미친다. 이는 R&D 투자는 중소기업보다 대기업의 기업가치에 더 큰 영향을 미침을 의미한다. 기업의 잉여현금흐름은 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 음(-)의 영향을 미친다. 이는 잉여현금흐름이 높은 기업은 순현재가치(NPV)가 음(-)인 투자안에 여유자금을 투자할 과잉투자위험이 존재한다는 Jensen(1986)의 이론을 지지한다. 기업의 시장점유율은 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 양(+)의 영향을 미친다. 시장점유율과 R&D 투자는 상호보완적으로 작용하므로, 시장점유율이 높은 기업은 R&D 투자도 증가하여 시장가치가 증가한다. 기업의 외부금융 의존도는 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 음(-)의 영향을 미친다. R&D 투자는 비대칭정보로 인한 역선택비용을 크게 발생시키므로, 외부금융에 의존하기보다 내부금융을 사용하는 것이 더 유리할 수 있다. 그리고 기업의 노동집약도와 자본집약도는 각각 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 음(-)의 영향을 미치는데, 전자는 노동집약도가 높은 기업일수록 종업원들 간에 초과 수익률이 희석될 가능성이 높기 때문이고, 후자는 자본집약도가 높은 기업일수록 재무적 제약에 직면할 가능성이 높기 때문이다. 결론적으로, 본 연구에서 설정한 기업의 재무적 특성변수 중에서, 기업규모와 시장점유율은 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 양(+)의 영향을 미치지만, 잉여현금흐름, 외부금융의존도, 노동집약도 및 자본집약도는 음(-)의 영향을 미친다. 따라서 기업 경영자들은 이러한 재무적 특성변수들이 R&D 투자와 기업가치간의 관계에 미치는 영향을 올바르게 이해하여 R&D 투자를 결정함으로써 기업가치를 증가시킬 수 있다.