본 논문에서는, 1995년도, 2000년도, 2004년도, 국내 26개 항만들을 대상으로 2개의 투입변수(접안능력, 하역능력)와 3개의 산출변수(수출화물처리량, 수입화물처리량, 입출항척수)가 있는 경우에 구성될 수 있는 21개의 DEA모형을 제시하고 효율성을 측정하였다. 또한 그러한 효율성 측정결과를 이용하여 주성분분석을 시행하여 핵심투입변수와 산출변수를 추출하였다. 실증분석의 핵심적인 결과를 살펴보면, 핵심투입 변수는 하역능력, 핵심산출변수는 입출항척수로 나타났다. 정책적인 함의는 항만정책당국이 개별항만들의 핵심투입변수와 산출변수가 어떻게 변화해 왔는지를 검토하여 차후 항만투자와 개발 시에 반드시 고려하고 반영해야만 한다.