본 연구에서는 술폰산기, 암모늄기를 가지는 폴리에테르에테르케톤계 고분자 소재에 대한 투과거동을 분석하기 위하여 분자 동력학 시뮬레이션을 이용하여 분석을 진행하였다. 술폰산기와 암모늄기의 함량을 조절하여 다양한 모델을 구 성하였으며, 도입된 관능기의 함량의 변화에 따른 하이드로니움, 히드록사이드 이온의 투과 거동에 대한 분석을 진행하였으며, 실제 실험 결과와 비교를 진행 하였다.