마에는 다양한 기능성 성분이 함유되어 있어서 식용 및 약용으로 다양하게 이용되고 있다. 특히 allantoin은 대표적인 마의 2차 대사산물로서 의약품 및 기능성 화장품 제조에도 활용되는 고부가가치 산물이다. 본 연구에서는 아미노 결합 정지상 HPLC 컬럼을 이용하여 마의 속과 껍질의 allantoin 함량을 분석하였다. Allantoin 표준용액의 검량 선의 결정계수(R2)값은 0.9999로 높은 직진성을 보였으며, 검출한계(LOD)와 정량한계(LOQ)는 각각 0.0229 mg/mL 및 0.0694 mg/mL로 설정되었다. 마 속과 껍질의 건조중량 기준 allantoin 함량은 각각 3.09±0.02 mg/g, 3.91±0.11 mg/g으로 속보다 껍질에 더 많은 allantoin이 함유되어있음을 확인하였다. 따라서 이러한 결과를 토대로 향후 농업부산물인 마껍질이 새로운 고부가가치 기능성 소재로 활용될 수 있음을 확인하였다.