본 연구는 남해안 무인도서 가운데 목도, 곡두도, 대항도, 불근도의 관속식물과 식생 현황 및 식물구계학적 특정식물을 조사함으로써, 현재 관리와 이용 실태에 따른 식물 변화를 예측하고 차후 무인도서의 식물 보전을 위한 기초 자료의 일환으로 수행하였다. 전체 관속식물은 80과 193속 234종 32변종 5품종 1교잡종으로 총 272종류(taxa)가 확인되었으며, 귀화식물과 귀화율은 12종류와 4.4%로 분석되었다. 또한, 식물구계학적 특정식물종은 IV등급에 4분류군이, III등급에는 10분류군이, II등급에는 5분류군이, I등급에는 35분류군의 총 54종류가확인되었으나 V등급에 해당되는 특정식물은 출현하지 않았다. 목도에서는 곰솔이 우점하고 있으며, 일본특산식물로 알려져 왔던 부추속(Allium)의 갯부추(Allium pseudojaponicum)가 30개체 이상이 분포하고 있는 것으로 확인되었다. 곡두도는 밀사초(Carex boottiana)가 큰 군락을 형성하고 있었으며, 대항도는 우리나라에서도 큰 면적 중 하나일 것으로 추측되는 후박 나무군락이 전 지역에서 분포하고 있었다. 또한, 불근도에서는 2003년도 국립공원관리공단에서 참식나무와 후박나무 등 수백개체를 식재하였으나 과거에 방목된 토끼로 인해 많은 개체가 고사한 상태로 방치되고 있다.