본 연구의 목적은 우리나라의 해양보호구역 제도를 개관하고 제도의 문제점을 도출한 후 해양보호구역의 효과적인 관리를 위한 대안을 제시하는 것이다. 연구결과, 우리나라에는 다양한 법률에 기인해 여러 형태의 해양보호구역이 존재하고 있으나 이를 통합적으로 관리할 수 있는 제도는 마련되지 못한 실정이며 보호구역내 유해행위의 규제에 대한 규정이 미흡하며 해양보호구역의 기능을 제대로 활용하지 못하는 것으로 나타났다. 이들 문제점을 해결하기 위한 방법으로 해양보호구역 지정 및 관리를 총괄하는 단일법률의 제정, 국가차원의 전담 관리기구 조직, 어업금지 해양보호구역 설정 및 해양보호구역 네트워크 구축 등 네 가지의 정책이 제안되었다.