본 연구는 표고 재배방식의 변화와 함께 톱밥재배가 증가됨에 따라 재배과정에서 발생 가능한 다양한 진균류를 분리, 동정하고 이들에 대한 다양성 분석하고자 시험을 수행하였다. 경남지역 5개 농가로부터 수집된 시료에서 405균주를 분리하고 이들에 ITS 염기서열 분석을 통해 24속 42종을 확인하였다. 분리된 진균들에 대한 동정결과 Penicillium 속이 11종, Trichoderma속 4종이 확인되어 높은 다양성을 보여주었다. T. harzianum 의 경우 5개 농가 에서 수집된 모든 시료에서 확인되었으며, Penicillium brevicompactum의 경우 3개 농가에 확인되었다. 2개 농가 에서 확인되어진 Scytalidium cuboideum의 경우 표고 톱밥배지 조기부후 및 버섯 발생 저해 등의 피해증상이 확 인됨에 따라 주의가 필요할 것으로 사료되었다. 또한 표고 톱밥재배의 경우 다양한 진균류이 존재가능하기 때문에 재배사 내부의 환경관리 및 예방이 필요할 것으로 판단되었다.