본 연구는 월출산국립공원지역 내 자연휴식년제 구간인 무위사→미왕재, 미왕재→동원농장, 장군봉 일원에서 확인된 관속식물 중 희귀식물과 특산식물 및 식물구계학적 특정식물, 귀화식물을 제시함으로써, 자연휴식년제 구간에서의 종 다양성과 식물자원의 보전을 위한 자료를 구축하고자 수행한 바, 다음과 같은 결론을 도출하였다. 월출산국립공원 자연휴식년제 구간에서의 관속식물상은 86과 205속 283종 1아종 36변종 5품종으로 총 325종류가 확인되었다. 관속식물 중 양치식물은 8과 11속 16종류(4.9%), 나자식물은 3과 3속 3종류(0.9%)가, 피자식물은 75과 191속 306종류(94.2%)가 확인되었다. 희귀식물에는 땅나리(보존우선순위: 191번), 태백제비꽃(202번), 산닥나무(120번)가 확인되었으며, 특산식물에는 지리대사초, 털중나리, 소사나무, 할미밀망, 노각나무, 자란초, 병꽃나무, 털잔대까지 8종류가 확인되었다. 또한, 특정식물은 27과 40속 43종 1변종 총 44종류가 확인되었으며, 이중 IV등급에는 산복사와 등나무가, III등급에는(흰)새덕이, 모새나무, 이삭귀개 등의 9종류, II등급에는 개시호, 큰참나물, 도깨비 엉겅퀴 등의 5종류, I등급에는 진황정, 사스레피나무, 자란초 등의 28종류로 분석되었다. 귀화식물에는 소리쟁이, 아까시나무, 큰개불알풀, 개망초, 미국가막사리, 큰방가지똥 등의 4과 6속 9종류, 귀화율은 2.8%로 분석되었다. 월출산국립공원 자연휴식년제 구간의 모니터링을 2000년도부터 현재까지 7년 동안 수행되었으며, 무위사에서 미왕재 및 동원농장 구간과 장군봉 일원은 본래의 자연식생으로 복원된 것으로 사료된다. 특히, 장군봉 일원은 급경사로 인해 인위적인 접근이 어려운 지역임으로 현 구간을 장기적으로 보전하는 것보다 다른 구간을 자연휴식년제로 선정하여 보전구간을 점차적으로 확대해야 할 필요성이 있을 것으로 판단된다.