장내 미생물과 숙주의 면역시스템은 상호 조절을 통해서 공진화 되어 왔다. 미생물은 부분적으로 대사물질을 생산하여 숙주 면역시스템을 조절한다. 면역세포는 대사 특이적인 수용체로서 P2X7, GPR41, GPR43, GPR109A, AhR, PXR, FXR, TGR5 등을 발현한다. 대변 은행은 rCDI 환자 치료를 위해 2013년부터 세계 각국에서 설립되고 있으며, 2017년 유럽에서 기증자 선발, 대변 준비, 대변 전이와 임상 관리, FMT 센터 운영을 위한 기본 요소 기준에 대하여 실무 중심의 의견 보고서를 발표하였다. CDI를 제외한 다른 질병 치료를 위한 FMT의 이용은 미국 식품의약국(FDA)으로부터 시험용 신약(IND) 승인을 받아야 한다. 따라서 FMT는 항생제로 제거가 불가능한 CDI 치료를 위하여 임상 실무에서 이용이 증가하고 있다. 비만에 대한 FMT 이용은 쥐에 대한 결과가 대부분이며, 비만쥐에서 Bacteroidetes가 감소하고 Firmicutes가 증가하였다. 동물의 생산성 향상을 위하여 사람 FMT의 표준 방법을 이용할 수 있다. 동물에서는 대변 미생물의 구강 투여가 적절한 방법이며, 동물 산업의 잠재적 대규모 수요를 충족시키기 위해서 품종에 따른 대변 은행의 설립이 필요하다.

Demand for the development of non-antibiotic growth promoters (AGP) in animal production surged in recent years. However, elucidating the specific mechanisms and action of prebiotics, probiotics, and synbiotics as non-AGP in animals is still in progress. This work investigated and compared faecal microbiotas of weaned piglets under the administration of a basal diet (CON) and with prebiotic lactulose (LAC), probiotic Enterococcus faecium NCIMB 11181 (PRO), or their synbiotic combination (SYN). Although prebiotics and/or probiotics in the diet significantly increased alpha-diversity compared with CON values, no differences were detected in richness and diversity values among the treatment groups (LAC, PRO, and SYN). At phylum level, the Firmicutes to Bacteroidetes ratio increased in the treatment groups in comparison to the CON group, and the lowest abundance of Proteobacteria was found in LAC group. At family level, Enterobacteriaceae decreased in all treatments, especially more than 10-fold reduction in LAC group compared with CON group. At genus level, the highest abundance of Oscillibacter was detected in PRO group, the highest Clostridium in LAC group, and the highest Lactobacillus in SYN group; the abundance of Escherichia was lowest in LAC group. Clustering in the DAPC plots illustrated distinct separation of the feeding groups (CON, LAC, PRO, and SYN) from one another, showing that microbial communities had different compositions according to different feed additives. Effects of LAC and PRO treatments on the faecal microbiota suggest independent mechanisms; nonetheless, the impact of SYN might also be distinct from that when each are administered singly as LAC or PRO.