제주도 서귀포시 문섬 (새끼섬)에서 2009년 4월부터 2010년 10월까지 총 5차례에 걸쳐 어류를 수중 조사하였다. 조사방법은 스킨스쿠버에 의해 뜰채와 소형그물을 이용하여 채집하였고, 채집이 불가능한 어류는 수중카메라를 이용하여 촬영을 하였다. 본 연구해역에서 확인된 어류는 모두 11목 39과 73속 91종이었다. 이 가운데 농어목 어류가 54종으로 전체 출현 종 수의 59%를 차지하였으며, 다음은 쏨벵이목 어류가 19종으로 20.8%이었다. 이 가운데 망둑어과의 Amblyeleotris속 어류는 우리나라에서 처음 확인된 어종이다. 유영어류와 저서어류의 비율은 45 : 55로 저서어류가 많았고, 저서어류는 유영어류에 비해 단독으로 생활하는 어류의 비율이 무리를 지어 생활하는 어류보다 훨씬 높았다.