본 연구는 통영시 당동만의 환경요인과 동물플랑크톤 군집을 분석하여 군집 형성 과정과 연안 부유생태계를 이해하기 위해 2008년 동계시기부터 2011년 춘계시기까지 계절별로 환경요인과 동물플랑크톤 군집의 변화를 분석하고, 우점종 출현양상과 환경요인의 상관관계를 CCA분석하였다. 조사기간 중 동물플랑크톤은 80종, 1,599 inds.m-3가 출현하였고, 동물플랑크톤의 군집 변화는 우점종의 출현밀도에 의해 결정되는 것으로 확인되었다. 계절별 우점종은 겨울철과 봄철에 Acartia steueri, 여름철에 Penilia avirostris 그리고 가을철에 Evadne nordimanni가 우점하여 가을철을 제외한 계절에서 요각류가 우점하는 것으로 나타났고, 우점종 출현 양상을 통해 조사지역 내 우점종 간 종 간 경쟁이 확인되었다. 주요 우점종과 환경요인 간의 정준대응분석 (CCA)을 실시한 결과, 대부분의 계절에서 수온이 우점종 출현양상과 가장 상관관계가 높은 것으로 나타났고, COD, DO 그리고 T-N이 영향을 주는 환경요인으로 나타났다.