재생에너지 육성을 위한 각국의 정책적 개입이 강화되는 가운데 우리나라도 2002년 발전차액지원제도(FIT)를 도입하여 재생에너지에 육성을 직접적으로 지원하였으나 2012년 의무할당제(RPS)를 도입하여 발전차액지원제도를 대체하는 정책수단의 전환이 발생 하였다. 이는 현재 우리나라에서만 발견되는 독특한 배경으로, 발전차액지원제도와 의무할당 제의 비교를 다룬 기존 논의에서 나아가 정책수단 전환의 성과에 초점을 맞춘 새로운 답이 요구된다. 이에 본 연구에서는 의무할당제 전환이 이루어진 2012년 전후 정책 효율성의 변화 를 자료포락분석(DEA)과 맘퀴스트 지수(Malmquist Index)를 사용하여 분석하였다. 그 결과 에너지원에 따라 의무할당제 전환 이후 정책효율성의 제고에 차이가 발생한 것을 알 수 있었 다. 이는 재생에너지 사업자들이 기술력 또는 가격경쟁력이 확보된 에너지원에 대해서만 자 발적으로 시장에 진입하였고, 이것이 의무할당제 전환 이후의 재생에너지 보급 성과가 특정 에너지원에 편중된 것으로 해석된다. 본 연구의 결과는 재생에너지 정책의 목표가 보급 확대와 성장동력화에 있음을 고려할 때 정책수단의 선택에 있어 기술, 시장 등을 고려한 다면적 분석이 필요하며, 이를 바탕으로 각 재생에너지원의 현황에 맞춘 다각화된 개입이 필요함을 시사한다.