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벼의 밀양23호/기호벼 재조합자식 유전집단을 이용한 PCR 기반 DNA 마커들로 구성된 분자유전자지도 작성 KCI 등재
Development of Rice Molecular Genetic and Physical Map Using PCR-based DNA Markers with the Recombinant Inbred Population Derived from Milyang23/Gihobyeo Cross
pp.273-281
밀양23호/기호벼 재조합자식 유전집단을 대상으로 PCR 기반 DNA 마커들로 구성된 분자유전자지도를 만들고자, 주로 아가로스 젤 상에서 분석이 가능한 마커들을 위주로 STS, InDel, RTM, SSR 마커들을 선발하여 분석하였다. InDel 마커 37개, STS 마커 88개, RTM 마커 8개, SSR 마커 91개를 포함한 224개의 마커로 구성된 유전지도를 만들었는데, 총 유전거리는 1,425 cM이었으며, 마커간 평균거리는 6.7 cM이었다. 이들 DNA 마커들의 프라이머 시퀀스 정보를 바탕으로 e-PCR프로그램을 이용하여 각 마커들의 벼 유전체상에서의 물리적인 위치를 파악하고 물리지도를 작성하였다. 이 물리지도에서 마커간의 물리적 거리의 합은 356.8 Mbp이었으며, 총 유전거리에서 이를 나누어 구한 1 cM당 평균 물리적 거리는 250 kbp이었다. 5% 유의수준에서 분리비 편의(segregation distortion) 현상을 보인 마커는 전체 마커의 22.8%인 51개이었으며, 주로 3번 염색체의 중간부위, 6번 염색체의 거의 모든 영역, 7번 염색체의 상단부위, 8번 염색체의 하단부위, 12번 염색체의 상단부위에 분포하였다. 이 분자유전자지도는 자포니카형 품종과 통일형 품종 또는 인디카 품종간의 교배후대 집단에서 유용형질의 유전자 위치를 분석하고자 할 때 이용 가능한 마커들에 대한 정보를 제공할 것이다.
To construct a molecular genetic map using PCR-based DNA markers with the recombinant inbred population derived from Milyang23/Gihobyeo cross, we analyzed the STS, InDel, RTM, and SSR markers which are mainly able to be analyzed on agarose gel. A genetic map comprised of 224 markers including 37 InDel, 88 STS, 8 RTM and 91 SSR markers was constructed. This map contained 1,425 cM with an average interval size of 6.7 cM. The physical map of these markers was also constructed by analyzing the physical location of each maker using its primer sequences and e-PCR program, and the average physical distance per centimorgan was 250 kbp. Among the mapped markers, 51 (22.8%) showed segregation distortion at 5% significance level. They are mainly located in the middle part of chromosome 3, almost whole chromosome 6, the upper end of chromosome 7, the lower end of chromosome 8, and the upper end of chromosome 12. These molecular genetic and physical maps would provide information on the available markers for mapping genes of useful traits with population derived from the crosses between Japonica varieties and Tongil type or Indica varieties.
