지방공기업은 지방자치 실시 이후에 지방자치단체의 역할 확대 및 자율권 등에 기인하여 규모와 역할 범위 뿐 아니라 그 수에 있어서도 2014년 6월 현재 396개로 크게 증가하였다. 하지만 대부분의 지방공기업들이 이와 같은 양적인 증가에 상응하는 거시적 성과를 창출하지 못하였고, 경영 및 관리의 책임소재 또한 명확하지 않은 것으로 평가되고 있다. 그 결과 많은 수의 지방공기업이 부실 경영으로 인한 부채 증가로 인해 지방자치단체들의 재정부담이 가중되고 있다. 이러한 원인에는 여러 가지가 있겠지만 지방공기업의 사장(이사장 및 관리자) 등의 전문성 부족과 통제 및 감사기구들이 제 역할을 하지 못한 것을 하나의 원인으로 꼽을 수 있다. 즉, 지방공기업의 지배구조에서 기인한 것으로 볼 수 있다. 따라서 지방공기업의 지배구조에 어떠한 문제점이 있는지 고찰한 후 개선방안을 제시해보았다. 이를 구체적으로 살펴보면 첫째, 지방직영기업의 관리자는 지방자치단체의 장이 인사권을 갖고 있기 때문에 관리자들은 일정부분 지방자치단체의 장에게 종속될 수밖에 없는 구조였다. 따라서 관리자를 임명할 때 지방의회의 추천을 받아 지방자치단체의 장이 임명하는 구조로 바꾸고, 아울러 현행 지방자치단체의 공무원만을 관리자로 임명할 수 있었던 것을 전문성을 갖추고 경험이 풍부한 민간인도 관리자로 임명할 수 있게 하여 관리자의 독립성을 보장해주고, 지방직영기업의 경영정상화에 기여할 수 있도록 하여야 할 것이다. 둘째, 지방공사·지방공단의 이사회의 구성에 있어서 현행 제도는 지방자치단체의 장과 사장(이사장)의 영향력을 배제할 수 없기 때문에 이사회의 독립성을 보장하기 위해서 “사장(이사장)을 포함한 상임이사, 비상임이사의 정수를 100분의 50 미만으로 사외이사의 비율을 100분의 50 이상으로 한다”로 개정하여 사외이사의 비율을 확대할 필요가 있다. 또한 임원추천위원회의 독립성을 확보하기 위해서는 지방자치단체의 장이 2명 추천할 수 있었던 규정을 삭제하고, 의회와 이사회의 추천 권한을 각각 1명씩 늘리는 방안을 검토해 볼 수 있을 것이다. 아울러 이사회의 평가 결과를 지방공기업의 주인이라 할 수 있는 지역주민들이 알 수 있도록 공개하여야 할 것이다. 셋째, 감사제도에 있어서는 감사의 독립성을 확보하기 위해 전국을 17개의 광역자치단체권역으로 나누어 각각의 광역자치단체에 속해 있는 모든 지방공기업에 대해 감사를 할 수 있도록 외부감사제도 도입의 필요성을 강조하였고, 자산규모가 2조원 이상인 대규모 지방공기업의 경우는「공공기관의 운영에 관한 법률」에서 운영하는 바와 같이 감사위원회의 설치를 검토하여야 할 것이다.