본고의 과제는 우리나라 독도연구의 전반적인 경향을 파악한 다음, 2000년 이후 약 20년간 역사학 분야 독도연구의 현황과 과제를 살펴보는 것이다. 우리의 독도 연구기관 및 유관기관은 200여개 이상이나 되는 반면, 일본은 불과 수개에 지나지 않는다. 연구자수 또한 우리나라가 현저하게 많고 연구 성과도 10배정도 더 많다. 그럼에도 불구하고 일본은 연구적인 측면에서 우리의 허점을 비집고 들어와서는 “죽도(독도)는 역사적으로나 국제법상 으로나 명백한 일본 고유의 영토이며, 현재 한국이 불법점거하고 있다”는 왜곡된 논리를 일본사회에서 일반화된 논리로 확산시켜가고 있다. 최근 매년 100편 이상이나 독도 관련 연구 성과가 쏟아지고 있음에도 여러 쟁점에 걸쳐 일본의 왜곡 주장과 허구성을 명료하게 무력화 시키고 있지 못하다. 첫째, 우리나라의 독도연구는 2000년 이후 일본 정부가 주장하는 「고유영토론」을 대체로 부정하는 연구 성과를 가져왔다. 이것은 일본 국내의 양심적인 학자에 의한 연구의 영향과 최근 일본 사료를 바탕으로 하는 연구가 늘어난 영향이라 할 것이다. 둘째, 독도 영유권 문제와 관련하여 일본 외무성의 「죽도문제를 이해하기 위한 10의 포인트」의 주장에 대해 명쾌하게 비판할 근거가 만들어져 있지 못하다. 이는 일본의 논리가 점점 교묘하게 맹점을 보완하는 부분도 있으나, 역사적 지리적 국제법적으로 명확히 무력화하는 논리를 완성할 필요가 있다. 셋째, 독도연구에서 역사학적 부분에 한정해서 보면 안용복 사건과 1905년 독도폅입 시기와 같은 특정 쟁점 분야에만 너무 집중되어 있다. 일본 논리의 부당성과 일본이 주장하는 「고유영토론」과 「무주지선점론」의 허구성을 입증하기 위해서는 1905년 이전 우리의 독도 실효지배의 증거를 보다 실증적인 것으로 찾아내야 할 것이다. 넷째, 많은 새로운 연구가 활발하게 진행되고 있음에도 불구하고 여전히 상존하는 선행연구의 무분별한 인용과 기존의 연구를 답습하는 문제를 지적하지 않을 수 없다. 많은 연구가 여전히 선학의 재탕삼탕에 의존하고 있었던 점은 자성해야 할 부분이며, 오히려 선학의 한계를 극복하는 새로운 연구가 필요한 시점이라 할 것이다. 이것은 단기적 성과주의와 양적 척도로 평가하는 우리의 연구풍토의 책임도 적지 않으나, 적어도 민족의 자존심이 걸린 독도연구만큼은 중언부언과 재탕삼탕에서 벗어나 새로운 연구를 지향해야 할 것이다. 기존의 연구 성과를 수사만 바꾸어 중언부언한다거나 원사료 해석의 무분별한 인용과 추측성 분석은 지양해야 할 것이다.

독도/竹島에 관한 일본어 논문에서 연구자 간 논쟁이 치열하다. 특히 이케우치 사토시(池 内敏)와 쓰카모토 다카시(塚本孝) 사이에서 치열한 논쟁이 벌어지고 있다. 양자의 견해 차이는 다음과 같다. ①17세기 독도/竹島 영유권에 관해 ‘최근의’ 쓰카모토는 일본은 역사적 권원을 가졌다고 하나, 이케우치는 일본은 영유권을 포기했다고 주장한다. ②쓰카모토의 ‘마쓰시마 도해허가’설에 대해 이케우치는 ‘폭론’이라고 결론지었다. ③다케시마(울릉도)도해금지령에 관해 쓰카모토는 마쓰시마(독도)로의 도해는 금지되지 않았다고 하나, 이케우치는 마쓰시마 도해 금지가 함의되고 있다고 주장한다. ④이케우치는 1740년대 지샤부교(寺社奉行) 는 다케시마･마쓰시마 양도 도해 금제라고 인식했다고 하나, 쓰카모토는 의문시한다. ⑤덴포 (天保)다케시마 도해금지령에 관해 이케우치는 마쓰시마로의 도항은 허용되지 않는다고 하나, 쓰키모토는 문제없다고 주장한다. ⑥1877년 태정관 지령이 말하는 ‘다케시마 외 일도’의 비정에 대해 이케우치는 다케시마(울릉도)와 마쓰시마(독도)라고 하나, ‘최근의’ 쓰카모토는 다케시마도 ‘외 일도’도 울릉도일 가능성이 높다고 주장한다. ⑦1900년 칙령 제41호의 石島 의 비정에 대해 ‘최근의’ 이케우치는 독도인 것 같다고 하나, ‘최근의’ 쓰카모토는 이를 독도라고 하는 것은 한국정부의 해석에 지나지 않는다고 주장한다. 이 이케우치-쓰카모토 논쟁에서 이케우치의 논증은 충분하지 않았던 때도 있었으나, 이를 박병섭이 보완했다. 이케우치의 쓰카모토 비판에 대해 쓰카모토의 반론은 약하며, 양자 간 논 쟁은 수렴될 기미가 보인다. 한편, 양자의 견해가 일치하는 것은 샌프란시스코 강화조약으로 독도/竹島가 일본 영토로 확정되었다는 견해다.　이에 대해 박병섭은 이 조약은 독도/竹島의 소속에 관한 어떠한 해석도 하지 않았다고 주장하고, 이 섬은 국제법상 우티･포씨디티스 원칙에 따라 한국 소속으로 되었다고 주장한다.