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Profiling Transcripts by EST from Vitis coignetiae against Anthracnose Infection KCI 등재
포도 새눈무늬병균을 접종한 머루(Vitis coignetiae) cDNA library의 EST 분석
- 언어ENG
- URLhttps://db.koreascholar.com/Article/Detail/284431
pp.452-458
머루(Vitis coignetiae)는 국내에 자생하는 야생종 포도의 한 종류로서, 포도 새눈무늬병에 저항성이다. 내병성 포도 육종에 활용할 유용한 육종소재를 개발하고자 머루의 잎과 과실로부터 cDNA libraray를 제작하였다. 머루의 cDNA library의 총 5,760개의 EST 클론을 분석하여 676개의 contig와 2,306개의 singleton을 분리하여 총 2,982개의 unigene을 분리하였다.
NCBI 데이터베이스의 BLAST를 통한 상동성을 검색한 결과, 2,241개의 클론이 기능이 알려진 유전자이었고, 그 중에서 1,442개는 생물학적인 대사에 관여하고 836개는 세포구성물과 관련이 있었다.
EST와 contig의 평균 크기는 각각 702bp와 757bp이었다. 포도새눈무늬병균에 감염된 머루 cDNA library로부터 Proline-rich cell wall protein, thaumatin-like protein, class IV chitinase, and pathogenesis-related (PR) protein 10 등의 다양한 방어관련 유전자와 광합성관련유전자 및 수분스트레스 저항성 관련유전자가 많이 검출되었다. 본 연구를 통해 얻어진 머루의 EST 자료는 포도의 새로운 유전자원에 관한 연구 및 내병성 포도 신품종 육종 프로그램에 기본자료로 유용하게 활용될 것이다.
Vitis coignetiae, a wild grape native to Korea, is resistant to anthracnose diseases. For screening useful resources for disease-resistant grape breeding, a cDNA library was constructed from leaves of wild grapes. A total of 2,982 unigenes containing 676 contigs and 2,306 singletons were obtained by sequencing 5,760 expressed sequence tag (EST) clones derived from the cDNA library of wild grape, V. coignetiae infected with Elsinoe ampelina causing anthracnose disease. In gene ontology analysis, 2,241 genes with molecular functions were annotated into 1,442 biological processes, and 836 cellular component genes. The average lengths of the ESTs and contigs were 702 and 757 bp, respectively. Various defense-related genes, such as putative proline-rich cell wall protein, thaumatin-like protein, class IV chitinase, and pathogenesis-related (PR) protein 10, photosynthesis-related genes, such as ribulose-bisphosphate carboxylase oxygenase small subunit, and water stress-related genes, such as abscisic stress ripening protein, were the most abundant in cDNAs from leaves of V. coignetiae infected with Elsinoe ampelina. These data could provide useful information in the genetic analysis of V. coignetiae and in the program for breeding disease-resistant grape cultivars.
