복숭아순나방붙이(Grapholita dimorpha Komai)가 국내 사과에 피해를 준다는 것이 2009년에 보고되면서, 과수의 주요 해충 가운데 하나로 주목을 받기 시작하였 다. 최근 배과원과 자두과원에서도 복숭아순나방붙이의 발생이 보고되기는 하였 으나, 모두 성페로몬 트랩을 이용한 성충의 포획에 관한 자료라서 유충이 이들 과수 에 직접적인 피해를 유발하는지는 아직 명확하지 않은 실정이다. 본 연구는 핵과류 인 복숭아와 자두를 대상으로 복숭아순나방류의 피해로 보이는 피해순과 피해과 실을 채집하여, 복숭아순나방붙이와 그 유사종인 복숭아순나방(Grapholita molesta Busck)의 피해 정도를 비교하였다. 두 유사종의 구별을 위해 종 특이적 프라이머를 이용한 분자동정법을 개발하여, 복숭아와 자두에서 순과 과실을 가해하는 종을 각 각 확인한 결과, 복숭아와 자두의 순을 가해하는 것은 모두 복숭아순나방이었으며, 복숭아 과실은 대부분 복숭아순나방이, 자두 과실은 대부분 복숭아순나방붙이가 가해하는 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 복숭아순나방붙이가 복숭아 보다는 주 로 자두 과실에 피해를 준다는 것을 확인하였으며, 특히 자두나무에서 두 유사종의 가해부위가 다르다는 사실은 앞으로 두 종과 기주식물과의 상호작용에 관한 연구 의 중요한 단서가 될 것으로 보인다.