고품질 벼 품종육성과정에서 고식미계통을 저세대에서 선발하는데는 많은 어려움이 있다. 최근에는 식미연관 분자표지들이 개발되고 있는데, 본 시험에서는 이러한 분자표지를 자포니카간 교잡계통에 적용하여 육종적 활용 가능성을 검토고자, 자포니카 4개 조합에서 육성된 F3계통을 관행선발과 분자표지에 의한 선발(MAS)로 나누어 선발하였다. 분자표지는 G4등 SNP마커 13개를 분석하였고, 이들 분자표지에 의한 식미회귀식값을 구하여 고식미계통을 추정하여 선발하였다. 관행선발에 의한 선발비율은 38%, MAS에 의한 선발비율은 34%였다. MAS와 관행선발을 병행하여 선발하였을때는 16%의 계통이 선발되었다. 분자표지 13개로 교배모본들을 군집분석한결과, 2개 군으로 나누어지며, 1군의 교배모본들이 식미회귀식값과 밥의윤기치가 2군보다 높게 나타났다. 분자표지분석에 의한 식미회귀식값은 교배조합별 모본들 간에는 상관관계가 일정한 경향을 보이지는 않았지만, 전체 모본들에 대해서는 유의한 상관관계가 인정되었다. 본 시험에 사용된 분자표지들은 식미관련 밥의윤기치가 높은 계통을 선발할 수 있는 확률이 높을 것으로 기대된다.